PDB-3nh7: Crystal structure of the neutralizing Fab fragment AbD1556 bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nh7

タイトル

Crystal structure of the neutralizing Fab fragment AbD1556 bound to the BMP type I receptor IA

要素

Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain
Antibody fragment Fab AbD1556, light chain
Bone morphogenetic protein receptor type-1A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody-antigen complex / BMP receptor extracellular domain / Bone morphogenetic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / Mullerian duct regression / heart formation / atrioventricular node cell development / mesendoderm development / dorsal aorta morphogenesis ...neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / Mullerian duct regression / heart formation / atrioventricular node cell development / mesendoderm development / dorsal aorta morphogenesis / tricuspid valve morphogenesis / central nervous system neuron differentiation / atrioventricular valve development / cardiac right ventricle morphogenesis / BMP binding / hindlimb morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / lateral mesoderm development / pituitary gland development / ventricular compact myocardium morphogenesis / mitral valve morphogenesis / negative regulation of smooth muscle cell migration / regulation of cellular senescence / dorsal/ventral axis specification / neural crest cell development / ectoderm development / cardiac conduction system development / endocardial cushion formation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transforming growth factor beta receptor activity, type II / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type III / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of dendrite development / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / roof of mouth development / SMAD binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / somatic stem cell population maintenance / outflow tract morphogenesis / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / developmental growth / embryonic organ development / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / somitogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / stem cell differentiation / lung development / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of neurogenesis / osteoblast differentiation / angiogenesis / in utero embryonic development / cell differentiation / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Mueller, T.D. / Harth, S. / Sebald, W.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: A selection fit mechanism in BMP receptor IA as a possible source for BMP ligand-receptor promiscuity
著者: Harth, S. / Kotzsch, A. / Hu, J. / Sebald, W. / Mueller, T.D.

履歴

登録	2010年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3nh7.ent.gz	645.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3nh7_validation.pdf.gz	544.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nh7_full_validation.pdf.gz	623.9 KB	表示
XML形式データ	3nh7_validation.xml.gz	75.6 KB	表示
CIF形式データ	3nh7_validation.cif.gz	102.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/3nh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/3nh7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1aqkS 1rew 2k3g S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lg5-d 6z7w-5 2p4b-1 6xmi-2 3aa1-d 5kn5-1 6z7w-6 5u3j-d 5x0t-2 4o4x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

L: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

A: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

I: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

M: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

B: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

J: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

N: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

C: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

K: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

O: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

D: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

247 kDa, 12 ポリマー
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1

H: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

L: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

A: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

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61.8 kDa, 3 ポリマー
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2

I: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

M: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

B: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

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61.8 kDa, 3 ポリマー
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3

J: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

N: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

C: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

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4

K: Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain

O: Antibody fragment Fab AbD1556, light chain

D: Bone morphogenetic protein receptor type-1A

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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.320, 129.255, 100.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	K
2	1	I
3	1	J
1	2	O
2	2	M
3	2	N
4	2	L
1	3	D
2	3	A
3	3	B
4	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	K	2 - 220
2	1	1	1	I	2 - 220
3	1	1	1	J	2 - 220
1	1	2	1	O	2 - 213
2	1	2	1	M	2 - 213
3	1	2	1	N	2 - 213
4	1	2	1	L	2 - 213
1	1	3	1	D	34 - 117
2	1	3	1	A	34 - 117
3	1	3	1	B	34 - 117
4	1	3	1	C	34 - 117

NCSアンサンブル:

ID
3
1
2

#1: 抗体	Antibody fragment Fab AbD1556, heavy chain 分子量: 25152.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Antibody fragment Fab AbD1556, light chain 分子量: 22488.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Bone morphogenetic protein receptor type-1A / BMP type I receptor / BMPR-IA / BMP type-1A receptor / BMPR-1A / Serine/threonine-protein kinase ...BMP type I receptor / BMPR-IA / BMP type-1A receptor / BMPR-1A / Serine/threonine-protein kinase receptor R5 / SKR5 / Activin receptor-like kinase 3 / ALK-3 分子量: 14199.918 Da / 分子数: 4 / Fragment: extracellular domain, UNP residues 24-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMPR1A / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P36894, receptor protein serine/threonine kinase
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.0, 20% (w/v) PEG 8000 and 10% (w/v) glucose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月15日 / 詳細: Varimax Cu HighRes
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30.4 Å / Num. all: 62444 / Num. obs: 59539 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 65.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6237 / R_sym value: 0.341 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AQK

1aqk

解像度: 2.7→30.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 30.456 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28044	3020	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23409	-	-	-
obs	0.23643	56514	95.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.104 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.25 Å²	0 Å²	0.99 Å²
2-	-	-1.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15323	0	0	27	15350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	15719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.624	1.953	21442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.65	5	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.169	24.566	611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.787	15	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.56	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.533	2	10136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.828	3	16401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.624	2	5583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.882	3	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	K	1607	tight positional	0.09	0.05
1	2	I	1607	tight positional	0.06	0.05
1	3	J	1607	tight positional	0.07	0.05
2	1	O	1558	tight positional	0.09	0.05
2	2	M	1558	tight positional	0.08	0.05
2	3	N	1558	tight positional	0.11	0.05
2	4	L	1558	tight positional	0.11	0.05
3	1	D	647	tight positional	0.06	0.05
3	2	A	647	tight positional	0.06	0.05
3	3	B	647	tight positional	0.06	0.05
3	4	C	647	tight positional	0.09	0.05
1	1	K	1607	tight thermal	0.15	0.5
1	2	I	1607	tight thermal	0.14	0.5
1	3	J	1607	tight thermal	0.13	0.5
2	1	O	1558	tight thermal	0.14	0.5
2	2	M	1558	tight thermal	0.13	0.5
2	3	N	1558	tight thermal	0.12	0.5
2	4	L	1558	tight thermal	0.13	0.5
3	1	D	647	tight thermal	0.12	0.5
3	2	A	647	tight thermal	0.12	0.5
3	3	B	647	tight thermal	0.1	0.5
3	4	C	647	tight thermal	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	247	-
R_work	0.32	4254	-
obs	-	6101	98.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9582	-1.945	-1.3853	2.0181	0.6764	3.0161	-0.1575	0.0545	-0.308	0.0023	0.0983	0.05	0.5116	-0.1319	0.0592	0.2877	-0.0134	0.0524	0.0192	0.0005	0.0612	29.7142	12.0719	11.7351
2	9.6518	-3.9644	-2.2925	4.3688	-4.3497	11.2272	-0.0849	0.2838	-0.39	-0.7515	-0.7328	-0.5093	1.4626	1.0614	0.8177	0.8183	0.4228	0.2154	0.4102	0.0902	0.7688	65.0894	12.1356	28.5886
3	7.0582	-0.7727	1.4871	2.5391	0.5866	1.7146	-0.1363	-0.1191	0.2061	0.01	0.0762	0.1442	0.3451	-0.0732	0.0601	0.3184	0.0375	0.045	0.0496	-0.0123	0.0785	29.1985	23.473	31.1107
4	8.5889	3.6623	-6.3144	4.4082	-4.0861	12.0414	-0.1535	-0.0695	0.1126	0.1098	0.0585	-0.5047	-0.1682	0.3477	0.095	0.1618	0.1718	-0.1156	0.263	-0.0609	0.3002	57.2605	27.2719	28.6114
5	4.618	-1.9701	-1.3215	12.3164	1.5026	3.4431	-0.2072	-0.2744	-0.1765	1.3357	-0.0299	1.2369	0.1204	-0.6274	0.2371	0.2743	-0.0094	0.1213	0.3848	0.091	0.3174	5.2895	24.8434	20.7751
6	6.3623	1.0436	-2.2907	2.8405	-0.6284	2.2302	0.2459	0.6113	0.3765	-0.2146	-0.0922	0.0583	-0.0467	-0.4121	-0.1538	0.057	0.0792	-0.0052	0.2101	0.0283	0.0539	3.2745	-0.0425	40.0704
7	7.9486	-2.3689	-2.0998	13.6483	-2.481	5.5589	0.3677	0.6438	0.1721	-0.3868	-0.1797	-0.5349	0.1007	0.3728	-0.188	0.0727	0.1233	0.0511	0.2544	0.0236	0.3263	42.0932	-12.2583	36.1155
8	7.2127	-0.1925	0.0854	1.2917	-0.8295	2.4547	0.0339	0.1463	-0.4384	0.1387	-0.1205	0.0242	0.1957	-0.3151	0.0866	0.1236	-0.0753	-0.0567	0.1196	0.0045	0.141	6.5818	-20.645	48.0805
9	7.4446	5.7482	1.8703	9.433	4.5922	4.7383	0.2861	-0.0859	0.0024	0.1377	-0.0639	-0.2126	0.2823	0.1718	-0.2222	0.1209	0.1133	-0.0593	0.1638	0.0258	0.3275	34.3121	-15.0704	50.7749
10	6.163	2.7399	0.4299	7.5604	-2.0888	12.4945	0.1113	0.4202	-0.6463	0.5878	0.1899	0.5169	1.2475	-1.0145	-0.3011	0.2343	-0.1707	0.0508	0.4796	-0.1285	0.3342	-18.3269	-14.418	53.1237
11	5.7044	1.9767	1.6423	4.4006	1.2911	2.3637	0.056	0.2569	-0.2458	-0.2764	0.0347	-0.2812	0.3386	0.0116	-0.0907	0.3466	-0.1109	0.0459	0.0677	-0.0442	0.1204	44.8445	31.4542	91.6261
12	7.0717	-1.9794	1.2043	10.5388	1.362	5.1518	-0.0509	0.7992	0.2404	-0.3991	0.1372	0.4209	-0.2095	-0.6014	-0.0863	0.2589	-0.1072	-0.0711	0.6442	0.1495	0.187	5.6662	43.6119	86.3455
13	7.2151	0.5959	0.4101	0.1516	0.0398	2.3569	-0.0892	-0.0511	0.3045	-0.1196	0.1083	-0.077	0.1993	-0.009	-0.0191	0.3507	-0.1011	0.0131	0.1021	-0.0944	0.1766	40.6341	51.8384	100.1256
14	6.4106	4.31	-1.7346	8.4982	-2.5642	5.1503	-0.1324	0.2768	0.179	0.1171	0.2816	0.1017	-0.1127	-0.162	-0.1492	0.1318	0.0695	-0.0741	0.2467	0.0829	0.1221	12.8281	45.5453	100.8181
15	4.94	2.0612	-0.0578	4.3356	2.6324	11.4795	0.0617	-0.1569	0.1444	0.328	0.0501	-0.6807	-1.214	0.7685	-0.1118	0.3969	-0.1216	-0.0724	0.2298	-0.022	0.5518	65.5627	45.7734	106.6455
16	5.9177	-1.3626	-0.1332	2.1095	0.3013	2.7318	0.3122	0.0526	0.133	-0.0478	-0.0552	0.0715	-0.4374	-0.1395	-0.257	0.1202	0.0097	0.0305	0.073	0.0013	0.0556	21.1941	18.9658	61.4381
17	4.0469	-0.2777	0.0452	4.4784	-1.6347	6.3889	0.3495	-0.0942	0.373	0.8599	-0.219	0.5876	-0.2001	-0.6276	-0.1305	0.2724	0.0128	0.1469	0.2004	-0.0531	0.3956	-16.8534	18.0937	76.6165
18	5.6543	0.2645	-0.9928	1.6715	-0.8076	1.5478	0.1978	-0.213	-0.2877	0.2501	-0.156	-0.2317	0.2812	0.0912	-0.0418	0.3172	-0.1253	-0.0927	0.1123	0.0102	0.0919	20.0323	7.5787	80.6345
19	7.9935	1.4186	4.6411	2.6879	2.3636	7.9973	0.4519	-0.0551	-0.1543	0.5318	-0.3325	0.229	0.2412	-0.0544	-0.1194	0.2033	-0.0745	0.0895	0.1013	0.0123	0.112	-7.7697	3.9319	76.177
20	3.7119	-3.0908	-0.3813	19.7372	-2.605	7.0829	0.1678	-1.0385	-0.0543	1.265	0.0242	-1.4256	0.3164	0.9904	-0.192	0.1813	-0.0176	-0.2	0.6571	-0.114	0.3086	44.5764	5.0289	72.3083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	121 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	2 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	121 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	34 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	6	I	1 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	I	121 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	M	2 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	M	121 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	34 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	J	1 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	J	121 - 221
13	X-RAY DIFFRACTION	13	N	2 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	121 - 211
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	34 - 118
16	X-RAY DIFFRACTION	16	K	1 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	17	K	121 - 221
18	X-RAY DIFFRACTION	18	O	2 - 120
19	X-RAY DIFFRACTION	19	O	121 - 211
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	34 - 118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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