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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ngc | ||||||
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タイトル | Complex of 6-hydroxy-L-nicotine oxidase with intermediate methylmyosmine product formed during catalytic turnover | ||||||
![]() | 6-hydroxy-L-nicotine oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ENANTHIOMERIC SUBSTRATE-INHIBITOR / FLAVOENZYMES / NICOTINE DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-6-hydroxynicotine oxidase / (S)-6-hydroxynicotine oxidase activity / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure analysis of free and substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine oxidase from Arthrobacter nicotinovorans. 著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D. #1: ![]() タイトル: Crystal structure analysis of free and substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine from Arthrobacter nicotinovorans 著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#1: タンパク質 | 分子量: 47214.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: gram-positive soil bacterium / 遺伝子: 6-HLNO / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 462分子 ![](data/chem/img/HNL.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/GP7.gif)
![](data/chem/img/HNH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/GP7.gif)
![](data/chem/img/HNH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HNL / |
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#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 化合物 | ChemComp-GP7 / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-HNH / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 20mM Sodium phosphate; 4M sodium formiate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月17日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 34405 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 34.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→12.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
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