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万見
- PDB-3nff: Crystal structure of extended Dimerization module of RNA polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nff
タイトルCrystal structure of extended Dimerization module of RNA polymerase I subcomplex A49/A34.5
要素
  • RNA polymerase I subunit A34.5
  • RNA polymerase I subunit A49
キーワードTRANSCRIPTION / triple barrel / RNA polymerase / Dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / : / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #70 / Double Stranded RNA Binding Domain / : / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Other non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Candida glabrata strain CBS138 chromosome J complete sequence / Candida glabrata strain CBS138 chromosome I complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J.R. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
著者: Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J. / Cramer, P.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年12月16日Group: Atomic model
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase I subunit A49
B: RNA polymerase I subunit A34.5
D: RNA polymerase I subunit A34.5
C: RNA polymerase I subunit A49
F: RNA polymerase I subunit A34.5
E: RNA polymerase I subunit A49
H: RNA polymerase I subunit A34.5
G: RNA polymerase I subunit A49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0328
ポリマ－110,0328
非ポリマー00
水00
1
A: RNA polymerase I subunit A49
B: RNA polymerase I subunit A34.5
E: RNA polymerase I subunit A49
H: RNA polymerase I subunit A34.5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0164
ポリマ－55,0164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16760 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
2
D: RNA polymerase I subunit A34.5
C: RNA polymerase I subunit A49
F: RNA polymerase I subunit A34.5
G: RNA polymerase I subunit A49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0164
ポリマ－55,0164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16670 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.930, 221.770, 129.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
RNA polymerase I subunit A49


分子量: 13968.775 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-119, N-terminal domain / 変異: V72M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0J07766g, rpa49 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q6FNZ9, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質
RNA polymerase I subunit A34.5


分子量: 13539.327 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-143 / 変異: L55M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0I06006g, rpa34 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q6FQI3, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 50 mM Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 / 詳細: Vertically bended multilayer mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→80 Å / Num. all: 25324 / Num. obs: 25171 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 81.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rsym value: 0.207 / Net I/σ(I): 5.58
反射 シェル解像度: 3.24→3.38 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.792 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Crystal structure of Dimerization module of RNA polymerase I subcomplex A49/A34.5 (SG P 21)

解像度: 3.24→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7248 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3608 1231 5.09 %RANDOM
Rwork0.2867 ---
obs0.2904 24194 --
all-24194 --
原子変位パラメータBiso mean: 114.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.0654 Å20 Å20 Å2
2--25.4412 Å20 Å2
3----9.3757 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.93 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 0 0 6535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016648HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.258973HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2386SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes912HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6648HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion8825
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact68204
LS精密化 シェル解像度: 3.24→3.38 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 105 5.21 %
Rwork0.2243 1912 -
all0.2267 2017 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3155-1.7756-1.365502.1767.7580.0910.19620.3224-0.1888-0.2339-0.43390.4069-0.54420.1428-0.3040.152-0.1050.2594-0.0807-0.30425.9689-48.8024-24.1814
20-2.91040.06385.537-0.79721.285-0.05110.34720.4338-0.22750.15110.1749-0.5442-0.347-0.1-0.12950.1520.1520.3040.1241-0.3045.8346-19.8125-15.4446
34.612-1.7051-1.62033.60750.98893.88610.16-0.54420.54420.54420.1244-0.3636-0.5418-0.1679-0.2845-0.304-0.0063-0.06040.304-0.1501-0.30234.1759-43.217714.3639
44.4330.3927-0.3964.4418-0.68414.16510.2787-0.5442-0.08640.2019-0.078-0.0932-0.54420.5442-0.2007-0.304-0.1520.01060.304-0.152-0.30438.9829-35.86368.8835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{D|* C|43 - C|98 G|6 - 42 }D25 - 139
2X-RAY DIFFRACTION1{D|* C|43 - C|98 G|6 - 42 }C43 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1{D|* C|43 - C|98 G|6 - 42 }G6 - 42
4X-RAY DIFFRACTION2{F|* G|43 - G|98 C|6 - 42 }F25 - 139
5X-RAY DIFFRACTION2{F|* G|43 - G|98 C|6 - 42 }G43 - 98
6X-RAY DIFFRACTION2{F|* G|43 - G|98 C|6 - 42 }C6 - 42
7X-RAY DIFFRACTION3{H|* E|43 - E|98 A|6 - 42 }H25 - 140
8X-RAY DIFFRACTION3{H|* E|43 - E|98 A|6 - 42 }E43 - 98
9X-RAY DIFFRACTION3{H|* E|43 - E|98 A|6 - 42 }A6 - 42
10X-RAY DIFFRACTION4{B|* A|43 - A|98 E|6 - 42 }B25 - 139
11X-RAY DIFFRACTION4{B|* A|43 - A|98 E|6 - 42 }A43 - 98
12X-RAY DIFFRACTION4{B|* A|43 - A|98 E|6 - 42 }E6 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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