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- PDB-3nfd: Chronobacterium ammoniagenes ACPS-CoA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nfd
タイトルChronobacterium ammoniagenes ACPS-CoA complex
要素Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein synthase / Mycobacterium tuberculosis / acyl carrier protein / fatty acid synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Gokulan, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Mycobacterium tuberculosis acyl carrier protein synthase adopts two different pH-dependent structural conformations.
著者: Gokulan, K. / Aggarwal, A. / Shipman, L. / Besra, G.S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月25日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
B: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
C: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
D: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
E: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
F: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,34612
ポリマ－101,7416
非ポリマー4,6056
水4,125229
1
A: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
B: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
C: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1736
ポリマ－50,8703
非ポリマー2,3033
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
2
D: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
E: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
F: Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1736
ポリマ－50,8703
非ポリマー2,3033
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.779, 56.019, 88.279
Angle α, β, γ (deg.)80.88, 76.23, 60.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Phosphopantetheine protein transferase, Ppt1p


分子量: 16956.828 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium ammoniagenes (バクテリア)
遺伝子: PPT1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O31302
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE DISCREPANCIES MAY BE DUE TO ERRORS AT THE GENOMIC SEQUENCING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG MME 5K, 0.1 M MES, 200 mM ammonium sulfate, pH 6.5, EVAPORATION

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 1-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→30.52 Å / Num. all: 52264 / Num. obs: 52264 / % possible obs: 73 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 58.1
反射 シェル解像度: 1.89→1.95 Å / 冗長度: 0.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 44.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 3.329 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25933 2539 5 %RANDOM
Rwork0.21209 ---
obs0.21451 47784 70.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.42 Å2-0.3 Å2
2---0.92 Å2-0.43 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6433 0 162 229 6824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0361.959064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.293314397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8585816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95422.99311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.71564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2940.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.26463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.24051
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3390.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2890.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3720.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3241.54533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2491.51686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6726564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27732827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.474.52500
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.936 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 114
Rwork0.221 1932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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