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- PDB-3nf5: Crystal structure of the C-terminal domain of nuclear pore comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nf5
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of nuclear pore complex component NUP116 from Candida glabrata
要素Nucleoporin NUP116
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear pore complex / NUP116 / GLEBS domain / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / tRNA export from nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus ...nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / tRNA export from nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / protein import into nucleus / ATPase binding / nuclear membrane / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S59, nucleoporin / c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Candida glabrata strain CBS138 chromosome F complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Manglicmot, D. / Bain, K. / Gilmore, J. / Gheyi, T. / Rout, M. / Sali, A. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. ...Sampathkumar, P. / Manglicmot, D. / Bain, K. / Gilmore, J. / Gheyi, T. / Rout, M. / Sali, A. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Atomic structure of the nuclear pore complex targeting domain of a Nup116 homologue from the yeast, Candida glabrata.
著者: Sampathkumar, P. / Kim, S.J. / Manglicmot, D. / Bain, K.T. / Gilmore, J. / Gheyi, T. / Phillips, J. / Pieper, U. / Fernandez-Martinez, J. / Franke, J.D. / Matsui, T. / Tsuruta, H. / Atwell, S. ...著者: Sampathkumar, P. / Kim, S.J. / Manglicmot, D. / Bain, K.T. / Gilmore, J. / Gheyi, T. / Phillips, J. / Pieper, U. / Fernandez-Martinez, J. / Franke, J.D. / Matsui, T. / Tsuruta, H. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S.R. / Rout, M.P. / Sali, A. / Sauder, J.M. / Almo, S.C. / Burley, S.K.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月21日Group: Structure summary
改定 1.32012年6月20日Group: Database references
改定 1.42012年10月10日Group: Database references
改定 1.52018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.92024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP116
B: Nucleoporin NUP116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0804
ポリマ－37,8962
非ポリマー1842
水2,702150
1
A: Nucleoporin NUP116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0402
ポリマ－18,9481
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoporin NUP116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0402
ポリマ－18,9481
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.703, 67.668, 55.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP116 / Strain CBS138 chromosome F complete sequence


分子量: 18947.906 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain residues 881-1034 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: CAGL0F06171g, NUP116 (gi50287617) / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: Q6FU56
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100mM MES, 25% PEGMME 2000, 200mM Sodium potassium tartarae, 0.4microL of 5% ethylacetate used additive into 2microL drop, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→34.37 Å / Num. obs: 25957 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly-alanine model of yeast Nup145 PDB ID: 3KEP

3kep


解像度: 1.94→25.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.306 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25617 1318 5.1 %RANDOM
Rwork0.20666 ---
obs0.20924 24613 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.325 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→25.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 12 150 2556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.9863365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01534041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2755311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46424.571105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31815402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1171.51552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3011.5611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99822520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9263919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5044.5842
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 95 -
Rwork0.25 1803 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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