[日本語] English
万見
- PDB-3nek: Crystal structure of a nitrogen repressor-like protein MJ0159 fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nek
タイトルCrystal structure of a nitrogen repressor-like protein MJ0159 from Methanococcus jannaschii
要素nitrogen repressor-like protein MJ0159
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


mj0159-like / NrpR domain superfamily / NrpR repressor / NrpR regulatory domains NRD1 and 2 / Ribonuclease R winged-helix domain / Ribonuclease R winged-helix domain / NrpR regulatory domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...mj0159-like / NrpR domain superfamily / NrpR repressor / NrpR regulatory domains NRD1 and 2 / Ribonuclease R winged-helix domain / Ribonuclease R winged-helix domain / NrpR regulatory domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Global nitrogen regulator NrpR
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Patskovsky, Y. / Malashkevich, V. / Ozyurt, S. / Dickey, M. / Wu, B. / Maletic, M. / Rodgers, L. / Koss, J. / Sauder, J.M. ...Bonanno, J.B. / Patskovsky, Y. / Malashkevich, V. / Ozyurt, S. / Dickey, M. / Wu, B. / Maletic, M. / Rodgers, L. / Koss, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural underpinnings of nitrogen regulation by the prototypical nitrogen-responsive transcriptional factor NrpR.
著者: Goragot Wisedchaisri / David M Dranow / Thomas J Lie / Jeffrey B Bonanno / Yury Patskovsky / Sinem A Ozyurt / J Michael Sauder / Steven C Almo / Stephen R Wasserman / Stephen K Burley / John ...著者: Goragot Wisedchaisri / David M Dranow / Thomas J Lie / Jeffrey B Bonanno / Yury Patskovsky / Sinem A Ozyurt / J Michael Sauder / Steven C Almo / Stephen R Wasserman / Stephen K Burley / John A Leigh / Tamir Gonen /
要旨: Plants and microorganisms reduce environmental inorganic nitrogen to ammonium, which then enters various metabolic pathways solely via conversion of 2-oxoglutarate (2OG) to glutamate and glutamine. ...Plants and microorganisms reduce environmental inorganic nitrogen to ammonium, which then enters various metabolic pathways solely via conversion of 2-oxoglutarate (2OG) to glutamate and glutamine. Cellular 2OG concentrations increase during nitrogen starvation. We recently identified a family of 2OG-sensing proteins--the nitrogen regulatory protein NrpR--that bind DNA and repress transcription of nitrogen assimilation genes. We used X-ray crystallography to determine the structure of NrpR regulatory domain. We identified the NrpR 2OG-binding cleft and show that residues predicted to interact directly with 2OG are conserved among diverse classes of 2OG-binding proteins. We show that high levels of 2OG inhibit NrpRs ability to bind DNA. Electron microscopy analyses document that NrpR adopts different quaternary structures in its inhibited 2OG-bound state compared with its active apo state. Our results indicate that upon 2OG release, NrpR repositions its DNA-binding domains correctly for optimal interaction with DNA thereby enabling gene repression.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年6月23日ID: 2QYX
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: nitrogen repressor-like protein MJ0159
B: nitrogen repressor-like protein MJ0159
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6905
ポリマ－54,4132
非ポリマー2763
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.009, 80.009, 116.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A321 - 539
2116B321 - 539
詳細probable dimer

-
要素

#1: タンパク質 nitrogen repressor-like protein MJ0159


分子量: 27206.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0159 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57623
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100mM sodium MES pH 7.0, 40% MPD, vapor diffusion, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 15446 / Num. obs: 15322 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 51.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→33.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.259 / WRfactor Rwork: 0.233 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.909 / SU B: 27.562 / SU ML: 0.278 / SU R Cruickshank DPI: 1.955 / SU Rfree: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.348
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 785 5.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.247 15303 99.3 %-
all-15411 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.77 Å2 / Biso mean: 55.556 Å2 / Biso min: 19.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20.75 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3507 0 18 14 3539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9794814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0075439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.91925.03165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.78715677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5861518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4881.52181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95523529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34331399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2474.51285
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1741 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.55
LOOSE THERMAL1.9510
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 60 -
Rwork0.312 1053 -
all-1113 -
obs-1053 98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6418-0.4923-1.19411.6964-0.18813.3975-0.0746-0.14280.03440.01360.09370.140.15340.1517-0.01910.00330.0339-0.05320.0263-0.00110.2191-18.709-19.558-13.408
23.21630.1227-0.00542.7040.56812.0329-0.09760.2161-0.1822-0.1367-0.0018-0.1553-0.01490.03640.0993-0.0218-0.02360.0180.04790.02810.2294-6.178-28.46-44.811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A321 - 540
2X-RAY DIFFRACTION2B319 - 539

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る