PDB-3neg: Pyrabactin-bound PYL1 structure in the open and close forms

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3neg

タイトル

Pyrabactin-bound PYL1 structure in the open and close forms

要素

Abscisic acid receptor PYL1

キーワード

HYDROLASE / PYL1 / pyrabactin / HORMONE RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

: / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / plastid / defense response / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Yan, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Functional mechanism of the ABA agonist pyrabactin
著者: Hao, Q. / Yin, P. / Yan, C. / Yuan, X. / Li, W. / Zhang, Z. / Liu, L. / Wang, J. / Yan, N.

履歴

登録	2010年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3neg.cif.gz	160.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3neg.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3neg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3neg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3neg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3neg_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	3neg_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3neg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3neg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nefC 3kdjS 3kdh 3kdi S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nef-1 4dvi-2 6y73-7 4tor-4 5wxz-d 5ujv-1 4zld-d 3udd-2 1m55-2 4r39-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL1

B: Abscisic acid receptor PYL1

ヘテロ分子

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYL1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Abscisic acid receptor PYL1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.23, 130.23, 88.25
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL1 / PYL1 / PYR1-like protein 1 / ABI1-binding protein 6 / Regulatory components of ABA receptor 9 分子量: 23327.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-221 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8VZS8, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン分子量: 377.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃BrN₂O₂S / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.44 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M citric acid pH 5.5, 0.01M GSH/GSSG, 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.92001 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.801→69.503 Å / Num. obs: 38331 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 61.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 54.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KDJ

3kdj

解像度: 2.801→69.503 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.833 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	1955	5.1 %
R_work	0.1951	36376	-
obs	0.1974	38331	93.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.266 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 224.92 Å² / B_iso mean: 86.227 Å² / B_iso min: 36.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.0045 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	13.0045 Å²	0 Å²
3-	-	-	-26.0091 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→69.503 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2870	0	45	2	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2967
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	4022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.918	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8013-2.8713	0.313	42	0.257	1284	X-RAY DIFFRACTION	45
2.8713-2.949	0.272	124	0.2638	1741	X-RAY DIFFRACTION	63
2.949-3.0358	0.2886	151	0.2757	2658	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0358-3.1337	0.2973	148	0.2657	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1337-3.2457	0.2855	147	0.2344	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2457-3.3757	0.2443	149	0.2221	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3757-3.5293	0.2309	152	0.1922	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5293-3.7154	0.2301	151	0.1855	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7154-3.9481	0.1996	127	0.1633	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9481-4.2529	0.1883	150	0.1508	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2529-4.6809	0.1933	158	0.1448	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6809-5.358	0.2108	148	0.1585	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
5.358-6.7496	0.2442	180	0.1745	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7496-69.5242	0.2346	128	0.1874	2809	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7595	0.1142	-0.1691	2.2074	1.4579	4.8094	-0.1847	-0.0792	0.0867	-0.0126	0.0761	0.0181	-0.0986	0.2493	-0.0002	0.3486	-0.0685	-0.0306	0.3101	-0.0344	0.3432	-56.5521	37.313	-12.3824
2	1.8839	1.3233	-0.5813	1.716	-0.1831	4.2409	0.0369	-0.0145	-0.1662	0.0003	0.269	-0.0514	-0.416	0.6103	-0.0003	0.4208	-0.399	-0.0718	0.706	0.013	0.5154	-43.4977	56.7306	3.2108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 189
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	9 - 191

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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