ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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BSS | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6_289)精密化 | MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KDJ 解像度: 2.4→40.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.94 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2228 | 1639 | 5.37 % |
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Rwork | 0.1881 | 28910 | - |
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obs | 0.1899 | 30549 | 92.96 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.094 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 149.72 Å2 / Biso mean: 56.312 Å2 / Biso min: 20.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 6.985 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 6.985 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -13.9699 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.616 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2870 | 0 | 22 | 123 | 3015 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 2943 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.142 | 3988 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d17.818 | 1076 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.078 | 453 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 520 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.4-2.4707 | 0.271 | 129 | 0.2465 | 1160 | X-RAY DIFFRACTION | 47 | 2.4707-2.5504 | 0 | 0 | 0.2446 | 1911 | X-RAY DIFFRACTION | 71 | 2.5504-2.6415 | 0.2968 | 290 | 0.2596 | 2386 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.6415-2.7473 | 0 | 0 | 0.2446 | 2697 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.7473-2.8723 | 0.2833 | 275 | 0.2358 | 2416 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8723-3.0237 | 0.2289 | 218 | 0.2074 | 2514 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.0237-3.213 | 0 | 0 | 0.1917 | 2723 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.213-3.461 | 0.2286 | 195 | 0.1742 | 2538 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.461-3.8091 | 0.1925 | 204 | 0.1608 | 2532 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.8091-4.3597 | 0 | 0 | 0.1513 | 2746 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.3597-5.4906 | 0.1748 | 130 | 0.1551 | 2643 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 5.4906-40.622 | 0.1981 | 198 | 0.1907 | 2644 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.2288 | 0.0256 | 0.0025 | 1.6141 | 1.3149 | 3.506 | -0.1557 | -0.0611 | 0.0281 | -0.0914 | 0.1561 | 0.0902 | -0.2073 | 0.2338 | -0 | 0.2053 | -0.0565 | -0.0242 | 0.2288 | -0.0138 | 0.2156 | -55.7048 | 37.1466 | -12.4183 | 2 | 2.3274 | 0.6731 | 0.207 | 2.0973 | -0.0078 | 3.2559 | -0.1587 | 0.2033 | 0.0242 | -0.1294 | 0.3915 | 0.0675 | -0.3365 | 0.327 | 0.0003 | 0.2619 | -0.246 | -0.0364 | 0.3355 | 0.0395 | 0.2574 | -43.5197 | 56.7944 | 3.1263 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA3 - 189 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB9 - 191 | | | | |
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