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- PDB-3nd2: Structure of Yeast Importin-beta (Kap95p) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nd2
タイトルStructure of Yeast Importin-beta (Kap95p)
要素Importin subunit beta-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / importin / karyopherin / nuclear import / receptor / Nuclear Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein desumoylation / importin-alpha family protein binding / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore complex assembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding ...Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein desumoylation / importin-alpha family protein binding / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore complex assembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / mRNA transport / nuclear pore / Neutrophil degranulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / protein-containing complex binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Forwood, J.K. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Quantitative Structural Analysis of Importin-beta Flexibility: Paradigm for Solenoid Protein Structures
著者: Forwood, J.K. / Lange, A. / Zachariae, U. / Marfori, M. / Preast, C. / Grubmuller, H. / Stewart, M. / Corbett, A.H. / Kobe, B.
履歴
登録2010年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8431
ポリマ－94,8431
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.835, 128.272, 69.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit beta-1 / Karyopherin-beta / Karyopherin subunit beta-1 / Karyopherin-95 / Importin-95


分子量: 94843.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06142
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.5, 20mM MgCl2, 125mM NaCl, 12% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 37902 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BKU

2bku


解像度: 2.4→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 23.571 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26668 1901 5 %RANDOM
Rwork0.21254 ---
obs0.21523 35991 97.06 %-
all-37902 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20.11 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6653 0 0 106 6759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9629200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2815860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.52625.909308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.137151162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7061527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.23277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.24806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.54431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78326943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14632638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8464.52257
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 143 -
Rwork0.271 2598 -
obs--94.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20072.46-1.83425.5596-0.9033.3995-0.36960.2556-0.2607-0.58690.2207-0.05940.46750.07340.14890.48910.01880.05390.10010.0183-0.185731.974-6.65234.144
21.0728-0.79920.18032.4438-2.06233.59570.1073-0.04960.02320.2327-0.03330.1019-0.40450.1012-0.0740.4812-0.03570.02010.0347-0.0266-0.126824.77224.04629.75
31.28-1.17460.14262.71960.60083.7771-0.00850.05790.03590.02530.0697-0.101-0.19580.0398-0.06120.422-0.00460.04240.00290.034-0.086422.60233.2690.638
40.4558-0.2792-0.48114.20530.24751.5344-0.07260.081-0.0257-0.18030.00720.319-0.0166-0.12460.06550.34950.0119-0.00130.1284-0.0422-0.057220.49310.118-15.146
55.54741.3332-3.93553.3516-0.97725.7977-0.0745-0.5395-0.0579-0.02040.0164-0.12380.250.430.0580.3480.0020.06970.0554-0.0341-0.097211.597-12.876-3.122
63.6308-0.4982-0.25933.51771.40493.3042-0.0525-0.27310.44950.10330.2163-0.4222-0.00570.3666-0.16380.3562-0.03840.00740.1281-0.0703-0.0377-0.621-5.14310.912
76.4433-3.15391.20946.807-0.58194.1496-0.2749-0.39530.6572-0.09570.0159-0.1721-0.6313-0.3050.2590.41990.0401-0.0150.022-0.0981-0.1402-14.4815.3828.495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A133 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3A307 - 438
4X-RAY DIFFRACTION4A439 - 595
5X-RAY DIFFRACTION5A596 - 699
6X-RAY DIFFRACTION6A700 - 764
7X-RAY DIFFRACTION7A765 - 861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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