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万見
- PDB-3ncv: NgoL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncv
タイトルNgoL
要素DNA mismatch repair protein mutL
キーワードHYDROLASE / endonuclease / repair / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain ...MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Namadurai, S. / Jain, D. / Nair, D.T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: The C-terminal domain of the MutL homolog from Neisseria gonorrhoeae forms an inverted homodimer
著者: Namadurai, S. / Jain, D. / Kulkarni, D.S. / Tabib, C.R. / Friedhoff, P. / Rao, D.N. / Nair, D.T.
履歴
登録2010年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein mutL
B: DNA mismatch repair protein mutL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9532
ポリマ－47,9532
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.500, 62.100, 92.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein mutL


分子量: 23976.260 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in UNP 460-658 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: FA1090 / 遺伝子: mutL, NGO0744, NgoL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3pLysS / 参照: UniProt: Q5F8M6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% Peg8K, 0.2M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97871 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97871 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19709 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→44.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 21.727 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with CNS 1.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27207 1543 7.8 %RANDOM
Rwork0.21649 ---
obs0.22085 18165 92.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å2-2.28 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 0 108 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.9763903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6025371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07524.127126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.34215501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0531523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.51861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93622955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6231023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3524.5948
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 94 -
Rwork0.383 1066 -
obs--74.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8879-2.68390.69248.6553-2.80466.1258-0.5003-0.2068-0.19081.14320.0823-0.0354-0.9872-0.56010.4180.690.1538-0.20950.1821-0.07930.110336.944-1.858256.6268
21.3390.25061.68581.53950.69342.3844-0.15110.02180.07010.211-0.11560.0244-0.1423-0.04360.26660.18660.0074-0.00150.1663-0.00660.196720.2966-0.328620.5101
32.83630.1702-0.82315.2841-1.68142.09370.2283-0.1311-0.1237-0.1520.00750.18370.09270.1864-0.23580.1078-0.0321-0.05540.1688-0.01750.2462-11.27771.2009-1.6217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B513 - 586
2X-RAY DIFFRACTION2A463 - 512
3X-RAY DIFFRACTION2A592 - 654
4X-RAY DIFFRACTION2B464 - 512
5X-RAY DIFFRACTION2B592 - 656
6X-RAY DIFFRACTION3A513 - 586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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