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- PDB-3ncp: GlnK2 from Archaeoglobus fulgidus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncp
タイトルGlnK2 from Archaeoglobus fulgidus
要素Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
キーワードSIGNALING PROTEIN / PII signaling proteins / nucleotide binding / GlnK / GlnB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits ...Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrogen regulatory protein GlnK2
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Helfmann, S. / Lue, W. / Litz, C. / Andrade, S.L.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Cooperative binding of MgATP and MgADP in the trimeric P(II) protein GlnK2 from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Helfmann, S. / Lu, W. / Litz, C. / Andrade, S.L.
履歴
登録2010年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2887
ポリマ－53,1814
非ポリマー1063
水3,081171
1
A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9926
ポリマ－39,8863
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA
2
B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9926
ポリマ－39,8863
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
3
C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9926
ポリマ－39,8863
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
4
D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)

D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)

D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8863
ポリマ－39,8863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
5
A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
B: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,98512
ポリマ－79,7726
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area17830 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
6
C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子

C: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
D: Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8789
ポリマ－79,7726
非ポリマー1063
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area15580 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.000, 91.000, 64.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-120-

CL

21C-120-

CL

31B-128-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Nitrogen regulatory protein P-II (GlnB-2)


分子量: 13295.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_1747, glnK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O28527
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, Na Acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45.5 Å / Num. all: 24946 / Num. obs: 24887 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.45 % / Biso Wilson estimate: 46.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0612 / Rsym value: 0.0612 / Net I/σ(I): 6.38
反射 シェル解像度: 2.35→2.44 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.3662 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique all: 2712 / Rsym value: 0.3662 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GNK

2gnk


解像度: 2.35→37.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9375 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9326 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1225 4.92 %RANDOM
Rwork0.2008 ---
obs0.2018 24875 99.88 %-
all-24887 --
原子変位パラメータBiso mean: 43.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3256 Å20 Å20 Å2
2--0.3256 Å20 Å2
3----0.6512 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.259 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 0 3 171 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0131722
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3642622
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11632
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes872
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4495
X-RAY DIFFRACTIONt_it317220
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.6
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4265
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact37604
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 153 4.97 %
Rwork0.1643 2926 -
all0.1666 3079 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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