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万見
- PDB-3ncc: A human Prolactin receptor antagonist in complex with the mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncc
タイトルA human Prolactin receptor antagonist in complex with the mutant extracellular domain H188A of the human prolactin receptor
要素
  • Prolactin
  • Prolactin receptor
キーワードHORMONE/HORMONE RECEPTOR / pH dependence / hematopoietic cytokine / HORMONE-HORMONE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / regulation of epithelial cell differentiation / prolactin signaling pathway / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / mammary gland development / steroid biosynthetic process / activation of Janus kinase activity ...prolactin receptor activity / prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / regulation of epithelial cell differentiation / prolactin signaling pathway / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / mammary gland development / steroid biosynthetic process / activation of Janus kinase activity / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cytokine binding / Prolactin receptor signaling / negative regulation of endothelial cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / peptide hormone binding / mammary gland alveolus development / regulation of cell adhesion / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of protein autophosphorylation / lactation / embryo implantation / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient levels / endosome lumen / female pregnancy / response to bacterium / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / hormone activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / lipid binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 ...Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Prolactin / Prolactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kulkarni, M.V. / Tettamanzi, M.C. / Murphy, J.W. / Keeler, C. / Myszka, D.G. / Chayen, N.E. / Lolis, E.J. / Hodsdon, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Two Independent Histidines, One in Human Prolactin and One in Its Receptor, Are Critical for pH-dependent Receptor Recognition and Activation.
著者: Kulkarni, M.V. / Tettamanzi, M.C. / Murphy, J.W. / Keeler, C. / Myszka, D.G. / Chayen, N.E. / Lolis, E.J. / Hodsdon, M.E.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolactin
B: Prolactin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3357
ポリマ－46,1712
非ポリマー1645
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.411, 123.411, 73.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prolactin / PRL


分子量: 21791.883 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 43-227 / 変異: G129R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hPRL, PRL / プラスミド: pT7L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01236
#2: タンパク質 Prolactin receptor / PRL-R


分子量: 24378.771 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 26-234 / 変異: H188A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hPRLr, PRLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16471

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非ポリマー , 4種, 234分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.7M NaCl, 0.1 M Hepes 7.5, 6% PEG monomethylether 550, hanging drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→33 Å / Num. obs: 30305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.25-2.3310.80.815100
2.33-2.4211.20.695100
2.42-2.5311.20.519100
2.53-2.6711.30.381100
2.67-2.8311.30.274100
2.83-3.0511.30.191100
3.05-3.3611.30.118100
3.36-3.8511.20.092100
3.85-4.8411.10.075100
4.84-33110.06100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.52 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å32.03 Å
Translation2.5 Å32.03 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MZG

3mzg


解像度: 2.5→32.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU B: 7.314 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 1114 5 %RANDOM
Rwork0.17768 ---
obs0.18082 20987 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.71 Å2-1.36 Å20 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3---4.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3204 0 8 229 3441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9554538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.275400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23524.025159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.70415578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5661519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2061.51987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33323233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.35531346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5964.51298
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 76 -
Rwork0.23 1544 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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