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- PDB-3nc1: Crystal structure of the CRM1-RanGTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nc1
タイトルCrystal structure of the CRM1-RanGTP complex
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
キーワードGTP-binding protein/transport protein / protein transport / GTP-binding protein-transport protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / Heme signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion ...Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / Heme signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / annulate lamellae / RHO GTPases Activate Formins / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Separation of Sister Chromatids / MAPK6/MAPK4 signaling / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / regulation of protein catabolic process / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein localization to nucleus / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / Cajal body / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / G protein activity / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP-binding nuclear protein Ran / Exportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Guttler, T. / Madl, T. / Neumann, P. / Deichsel, D. / Corsini, L. / Monecke, T. / Ficner, R. / Sattler, M. / Gorlich, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: NES consensus redefined by structures of PKI-type and Rev-type nuclear export signals bound to CRM1.
著者: Guttler, T. / Madl, T. / Neumann, P. / Deichsel, D. / Corsini, L. / Monecke, T. / Ficner, R. / Sattler, M. / Gorlich, D.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: GTP-binding nuclear protein Ran
A: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6534
ポリマ－144,1052
非ポリマー5472
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area51350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.802, 216.158, 123.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / GTPase Ran / Ras-related nuclear protein / Ras-like protein TC4 / Androgen receptor-associated protein 24


分子量: 20738.096 Da / 分子数: 1 / 変異: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARA24, OK/SW-cl.81, RAN, RAN (GeneID: 5901) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Exportin-1 / Exp1 / Chromosome region maintenance 1 protein homolog


分子量: 123367.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crm1, Xpo1, Xpo1 (GeneID: 103573) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q6P5F9
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/HCl, 12% (w/v) PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→37.37 Å / Num. all: 30619 / Num. obs: 28804 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.12 % / Biso Wilson estimate: 115.503 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.0399 / Net I/σ(I): 18.06
反射 シェル解像度: 3.35→3.45 Å / 冗長度: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.4998 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 6713 / Num. unique all: 1682 / Num. unique obs: 1679 / Rsym value: 0.5521 / % possible all: 66.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CRM1 and RANGTP molecules taken from PDB entry 3GJX

3gjx


解像度: 3.35→36.521 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.757 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1328 5.02 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 26438 86.47 %-
all-28804 --
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 93.229 Å2 / ksol: 0.271 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 333.6 Å2 / Biso mean: 151.245 Å2 / Biso min: 69.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→36.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9716 0 33 0 9749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52813490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4553708
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.35-3.3920.42300.38164967962
3.392-3.4370.387420.39871876067
3.437-3.4840.455310.3769172266
3.484-3.5340.424220.35867069262
3.534-3.5870.374310.32758261354
3.587-3.6430.276350.31966970463
3.643-3.7020.364460.3251068111499
3.702-3.7660.423370.28867371064
3.766-3.8350.344460.29381586176
3.835-3.9080.316660.268951101791
3.908-3.9880.265450.25884488980
3.988-4.0740.261530.25191897186
4.074-4.1690.312600.234985104592
4.169-4.2730.314470.221994104194
4.273-4.3890.25570.2011014107195
4.389-4.5170.242600.1841022108297
4.517-4.6630.179350.1781079111497
4.663-4.8290.237580.1821047110598
4.829-5.0220.222470.1871065111299
5.022-5.250.264750.2051035111098
5.25-5.5260.264620.2091066112898
5.526-5.8710.298490.2161074112398
5.871-6.3220.286490.2191065111499
6.322-6.9540.306510.2141091114299
6.954-7.9510.241580.2031101115999
7.951-9.9840.206660.1431091115799
9.984-36.5230.141700.1681133120398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6172-0.1774-0.23792.7173-1.49460.88030.2141-0.4404-0.3653-0.57620.02870.4488-0.1288-0.039-0.02461.085-0.14790.02081.5048-0.33420.7427-34.485872.6885-21.4425
21.57150.6513-1.33820.82390.02473.1729-0.18050.17771.3335-2.02570.3928-0.6475-1.70911.644-0.37892.42720.0848-0.20072.0582-0.3982.0839-1.276786.3294-45.3636
30.9261-0.72110.04612.6692-2.18262.1307-0.19290.25140.71720.1683-0.499-0.1557-0.21020.68720.19151.6301-0.28570.09741.5053-0.10260.9733-8.631376.9423-49.0647
40.82160.5188-0.0342.498-0.88571.64-0.46120.9238-0.2224-0.9377-0.08330.37730.7862-0.52750.35671.4706-0.10810.22781.2272-0.03960.8666-6.035863.3028-47.5371
53.6099-0.0729-0.77055.5998-2.47765.014-0.27260.4035-0.2695-0.075-0.0487-0.1057-0.0436-0.07180.36471.2053-0.24060.08971.21-0.24420.5368-15.725945.8183-36.9819
63.20870.30751.7573.98760.63362.9529-0.2743-0.1139-0.6950.09860.23660.06960.0623-0.16660.21171.1764-0.18740.16281.32510.04930.599-25.156633.2588-16.7017
73.49720.5962-2.01073.26872.84534.2738-0.28310.5823-0.5936-0.1520.517-0.31580.57240.8254-0.11621.5366-0.07410.07731.68310.06560.5763-21.035143.27487.3794
88.8097-0.2551-0.06821.89460.50642.4929-0.2044-0.261-1.15211.27650.30810.16370.0210.570.3471.2304-0.08320.30081.3511-0.02160.0999-21.508161.971816.1704
93.236-1.5711-0.83162.7996-0.27980.52111.27841.3078-0.9102-1.4516-0.37740.2345-1.3817-0.4354-0.24961.2933-0.07180.23271.4392-0.07270.6199-14.764968.77181.1196
100.0142-0.0963-0.09590.92650.69310.51450.04940.656-0.3527-1.21130.0085-0.1928-0.12510.7662-0.24171.1165-0.0024-0.07131.7194-0.02781.247-28.956854.464-10.5541
110.77-0.99640.03381.299-0.08360.0628-0.7342-1.2997-0.14281.51020.89310.6972-0.3607-0.5359-0.18821.608-0.2004-0.13752.1542-0.29350.711-12.632978.771810.235
122.0967-1.72981.77073.199-1.23561.47290.3169-0.74630.38940.0496-0.4021-0.74510.1052-0.38850.09041.6186-0.01720.15461.6963-0.42070.8173-15.438885.10521.1067
133.1747-0.25770.22812.1743-2.02681.8865-0.70770.30060.79010.07660.41470.2211-0.2248-0.16750.28811.8445-0.0603-0.00181.6604-0.77591.2708-19.316498.0888-4.9758
142.2899-0.69180.531.03060.63834.7465-0.23510.82860.2085-0.3811-0.1419-0.32640.54-0.01460.42541.5637-0.3782-0.02791.0157-0.15051.0639-20.3845102.0067-27.3983
152.92780.24480.47830.8756-0.16464.32620.5826-1.4667-0.0084-0.5844-0.50320.211.32411.6873-0.63281.7483-0.1299-0.08151.319-0.33931.1832-29.709897.0536-35.4796
161.95251.219-1.00330.8844-0.27680.79780.24050.17441.515-1.565-0.1707-0.08790.45490.78010.00351.701-0.0184-0.16831.6042-0.15141.3109-34.902697.2898-42.4099
172.4972-0.61511.23482.3209-0.60214.8126-0.3638-0.3926-0.15481.25440.53581.25031.7091-0.8035-0.3951.2646-0.1108-0.33040.7908-0.28560.8135-46.10383.1853-45.1905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain CC8 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 1028:1059A1028 - 1059
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 969:1027A969 - 1027
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 908:963A908 - 963
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 767:907A767 - 907
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 627:766A627 - 766
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 533:626A533 - 626
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 468:532A468 - 532
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 449:467A449 - 467
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and resid 425:448A425 - 448
11X-RAY DIFFRACTION11chain A and resid 402:424A402 - 424
12X-RAY DIFFRACTION12chain A and resid 311:401A311 - 401
13X-RAY DIFFRACTION13chain A and resid 240:310A240 - 310
14X-RAY DIFFRACTION14chain A and resid 145:239A145 - 239
15X-RAY DIFFRACTION15chain A and resid 120:144A120 - 144
16X-RAY DIFFRACTION16chain A and resid 67:119A67 - 119
17X-RAY DIFFRACTION17chain A and resid 4:66A4 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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