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- PDB-3naw: Crystal structure of E. coli O157:H7 effector protein NleL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3naw
タイトルCrystal structure of E. coli O157:H7 effector protein NleL
要素secreted effector protein
キーワードLIGASE / effector protein / pentapeptide / HECT domain / HECT E3 ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Putative secreted effector protein / HECT-like ubiquitin ligase fold / HECT-like ubiquitin ligase / effector protein (NleL) fold / effector protein (NleL) / E3 ubiquitin ligase SopA-like central domain / SopA-like central domain / E3 ubiquitin-protein ligase SopA-like, catalytic domain / SopA-like, catalytic domain superfamily / SopA-like catalytic domain ...Putative secreted effector protein / HECT-like ubiquitin ligase fold / HECT-like ubiquitin ligase / effector protein (NleL) fold / effector protein (NleL) / E3 ubiquitin ligase SopA-like central domain / SopA-like central domain / E3 ubiquitin-protein ligase SopA-like, catalytic domain / SopA-like, catalytic domain superfamily / SopA-like catalytic domain / : / Pentapeptide repeats (8 copies) / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase SopA / E3 ubiquitin-protein ligase SopA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lin, D.Y. / Chen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Biochemical and Structural Studies of a HECT-like Ubiquitin Ligase from Escherichia coli O157:H7.
著者: Lin, D.Y. / Diao, J. / Zhou, D. / Chen, J.
履歴
登録2010年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: secreted effector protein
B: secreted effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,64920
ポリマ－138,8562
非ポリマー1,79318
水5,314295
1
A: secreted effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1819
ポリマ－69,4281
非ポリマー7538
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: secreted effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,46811
ポリマ－69,4281
非ポリマー1,04010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area51120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)313.672, 77.310, 61.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 secreted effector protein


分子量: 69427.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 176-782 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ECs1560 / プラスミド: pMCSG20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q8X5G6, UniProt: A0A0H3JDV8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 1.6M LiSO4 or MgSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0115, 0.9794, 0.9796, 0.9494
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.01151
20.97941
30.97961
40.94941
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 51029 / Num. obs: 50366 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.047 Å / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 27.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 2528 5.13 %
Rwork0.1839 --
obs0.1872 49261 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.981 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.1259 Å20 Å2-7.919 Å2
2---6.0185 Å20 Å2
3----9.1075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9640 0 106 295 10041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07813446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5673550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041736
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.54810.34511260.22722349X-RAY DIFFRACTION87
2.5481-2.60010.30571280.21672521X-RAY DIFFRACTION93
2.6001-2.65660.2891290.20962457X-RAY DIFFRACTION94
2.6566-2.71840.29491350.21042511X-RAY DIFFRACTION94
2.7184-2.78640.28121440.21372572X-RAY DIFFRACTION95
2.7864-2.86170.27781360.20062561X-RAY DIFFRACTION96
2.8617-2.94590.26311480.20232575X-RAY DIFFRACTION96
2.9459-3.0410.32611410.20522577X-RAY DIFFRACTION97
3.041-3.14970.29121470.21512583X-RAY DIFFRACTION97
3.1497-3.27570.26321520.20362626X-RAY DIFFRACTION98
3.2757-3.42480.25721470.19082650X-RAY DIFFRACTION98
3.4248-3.60530.27311340.17822639X-RAY DIFFRACTION98
3.6053-3.83110.20541360.15832679X-RAY DIFFRACTION98
3.8311-4.12670.21311400.14462645X-RAY DIFFRACTION99
4.1267-4.54170.1941500.13292669X-RAY DIFFRACTION99
4.5417-5.19810.2011470.14382678X-RAY DIFFRACTION99
5.1981-6.54630.24441300.18292696X-RAY DIFFRACTION99
6.5463-47.0550.19941580.17962745X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 114.8966 Å / Origin y: 32.3124 Å / Origin z: 30.7755 Å
111213212223313233
T0.1142 Å20.039 Å2-0.0249 Å2-0.1445 Å20.0049 Å2--0.1402 Å2
L0.282 °2-0.0203 °20.0478 °2-0.5172 °20.1407 °2--0.6732 °2
S-0.1124 Å °-0.0296 Å °0.0578 Å °-0.0443 Å °-0.0131 Å °0.097 Å °-0.0458 Å °-0.1479 Å °0.116 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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