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- PDB-3naf: Structure of the Intracellular Gating Ring from the Human High-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3naf
タイトルStructure of the Intracellular Gating Ring from the Human High-conductance Ca2+ gated K+ Channel (BK Channel)
要素Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
キーワードION TRANSPORT / Ion Channel / gating ring / rossmann fold / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / response to carbon monoxide / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / response to carbon monoxide / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / intracellular potassium ion homeostasis / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / response to calcium ion / caveola / potassium ion transport / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wu, Y. / Yang, Y. / Ye, S. / Jiang, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of the gating ring from the human large-conductance Ca(2+)-gated K(+) channel.
著者: Wu, Y. / Yang, Y. / Ye, S. / Jiang, Y.
履歴
登録2010年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3731
ポリマ－89,3731
非ポリマー00
水00
1
A: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

A: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

A: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

A: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,4924
ポリマ－357,4924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area102730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.395, 134.395, 231.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1,Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / BK channel / BKCA alpha / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-1 / K(VCA) ...BK channel / BKCA alpha / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-1 / K(VCA)alpha / KCa1.1 / Maxi K channel / MaxiK / Slo-alpha / Slo1 / Slowpoke homolog / hSlo


分子量: 89373.094 Da / 分子数: 1
断片: Intracellular Domain (UNP RESIDUES 329-616; 659-1113)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA1, KCNMA, SLO, KCNMA1 / プラスミド: pFastBacHTa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q12791
Has protein modificationY
配列の詳細1. THE ISOFORM-5 OF CALCIUM ACTIVATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT ALPHA-1 HAS BEEN CRYSTALLIZED. 2. ...1. THE ISOFORM-5 OF CALCIUM ACTIVATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT ALPHA-1 HAS BEEN CRYSTALLIZED. 2. THE FULL CRYSTALLIZED SEQUENCE IS: GAMPDEFRMKQIEDKLEEILSKLYHIENELARIKKLLGERKKYGGSYSAVSGRKHIVVCGHITLESVSNFLKDFLHKDRDDVNVEIVFLHNISPNLELEALFKRHFTQVEFYQGSVLNPHDLARVKIESADACLILANKYCADPDAEDASNIMRVISIKNYHPKIRIITQMLQYHNKAHLLNIPSWNWKEGDDAICLAELKLGFIAQSCLAQGLSTMLANLFSMRSFIKIEEDTWQKYYLEGVSNEMYTEYLSSAFVGLSFPTVCELCFVKLKLLMIAIEYKSANRESRILINPGNHLKIQEGTLGFFIASDAKEVKRAFFYCKACHDDITDPKRIKKCGCKRLEDEQPSTLSPKKKQRNGGMRNSPNTSPKLMRHDPLLIPGNDQIDNMDSNVKKYDSTGMFHWCAPKEIEKVILTRSEAAMTVLSGHVVVCIFGDVSSALIGLRNLVMPLRASNFHYHELKHIVFVGSIEYLKREWETLHNFPK VSILPGTPLSRADLRAVNINLCDMCVILSANQNNIDDTSLQDKECILASLNIKSMQFDDSIGVLQANSQGFTPPGMDRSSPDNSPVHGMLRQPSITTGVNIPIITELVNDTNVQFLDQDDDDDPDTELYLTQPFACGTAFAVSVLDSLMSATYFNDNILTLIRTLVTGGATPELEALIAEENALRGGYSTPQTLANRDRCRVAQLALLDGPFADLGDGGCYGDLFCKALKTYNMLCFGIYRLRDAHLSTPSQCTKRYVITNPPYEFELVPTDLIFCLMQFDHNAGQSRASLSHSSHSSQSSSKKSSSVHSIPSTANRQNRPKSRESRDKQKYVQEERL 3. DUE TO ELECTRON DENSITY BRAKES A REGION CORRESPONDING TO UNKS CAN NOT BE INTERPRETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3.5M sodium formate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.0332
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2010年3月4日mirrors
MAR scanner 300 mm plate2IMAGE PLATE2010年4月11日mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.97951
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 19761 / Num. obs: 19761 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 100.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 3.1→3.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 784 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→49.483 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 1735 9.99 %random
Rwork0.2378 ---
obs0.2429 17363 88.17 %-
all-17363 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 106.737 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.7133 Å20 Å2-0 Å2
2--20.7133 Å20 Å2
3----41.4266 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5076 0 0 0 5076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7097030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.751882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.19130.4695950.3872899X-RAY DIFFRACTION61
3.1913-3.29430.41151120.32681044X-RAY DIFFRACTION72
3.2943-3.4120.33671300.28861177X-RAY DIFFRACTION81
3.412-3.54860.34341380.29661228X-RAY DIFFRACTION85
3.5486-3.710.36421460.28211295X-RAY DIFFRACTION90
3.71-3.90550.31351490.25481320X-RAY DIFFRACTION91
3.9055-4.15010.31131510.22841348X-RAY DIFFRACTION92
4.1501-4.47040.25631550.18371412X-RAY DIFFRACTION95
4.4704-4.91990.23931600.1641416X-RAY DIFFRACTION97
4.9199-5.63090.21091620.18141468X-RAY DIFFRACTION98
5.6309-7.0910.28411660.21861502X-RAY DIFFRACTION99
7.091-49.48910.26461710.22431519X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -44.9869 Å / Origin y: 35.9902 Å / Origin z: 84.7713 Å
111213212223313233
T0.5353 Å20.0424 Å20.2576 Å2-0.5608 Å20.0807 Å2--0.6127 Å2
L1.5032 °2-0.5963 °20.0823 °2-1.0089 °20.278 °2--1.2232 °2
S-0.0428 Å °0.3732 Å °-0.0566 Å °0.1414 Å °-0.1016 Å °-0.1372 Å °0.3821 Å °0.1976 Å °0.1564 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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