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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nad | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Phenolic Acid Decarboxylase from Bacillus pumilus UI-670 | ||||||
![]() | Ferulate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / beta barrel / lipocalin / biocatalysis / decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matte, A. / Grosse, S. / Bergeron, H. / Abokitse, K. / Lau, P.C.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of Bacillus pumilus phenolic acid decarboxylase, a lipocalin-fold enzyme. 著者: Matte, A. / Grosse, S. / Bergeron, H. / Abokitse, K. / Lau, P.C. #1: ![]() タイトル: p-Coumaric acid decarboxylase from Lactobacillus plantarum: Structural insights into the active site and decarboxylation catalytic mechanism 著者: Rodriguez, H. / Angulo, I. / de las Rivas, B. / Campillo, N. / Paez, J.A. / Munoz, R. / Mancheno, J.M. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993 タイトル: Structure and sequence relationships in the lipcalins and related proteins 著者: Flower, D.R. / North, A.C.T. / Attwood, T.K. #4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008 タイトル: Phenolic-acid mediated regulation of the padC gene encoding the phenolic acid decarboxylase of Bacillus subtilus 著者: Tran, N.P. / Gury, J. / Dartois, V. / Nguyen, T.K.C. / Seraut, H. / Barthelmebs, L. / Gervais, P. / Cavin, J.-F. #5: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1995 タイトル: Cloning, sequencing and expression in Escherichia coli of the Bacillus pumilus gene for ferulic acid decarboxylase 著者: Zago, A. / Degrassi, G. / Bruschi, C.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2p8gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19106.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Na/K tartarate, 0.1 M tri-sodium citrate, 0.5 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Rayonix 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月4日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD-4 double crystal Diamond(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 52226 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Num. unique all: 4990 / Χ2: 0.876 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2P8G 解像度: 1.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.244 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.876 / SU B: 3.445 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / SU Rfree: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.32 Å2 / Biso mean: 19.448 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.731 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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