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万見
- PDB-3nad: Crystal Structure of Phenolic Acid Decarboxylase from Bacillus pu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nad
タイトルCrystal Structure of Phenolic Acid Decarboxylase from Bacillus pumilus UI-670
要素Ferulate decarboxylase
キーワードLYASE / beta barrel / lipocalin / biocatalysis / decarboxylase
機能・相同性Phenolic acid decarboxylase / Phenolic acid decarboxylase (PAD) / carboxy-lyase activity / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Ferulate decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Matte, A. / Grosse, S. / Bergeron, H. / Abokitse, K. / Lau, P.C.K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of Bacillus pumilus phenolic acid decarboxylase, a lipocalin-fold enzyme.
著者: Matte, A. / Grosse, S. / Bergeron, H. / Abokitse, K. / Lau, P.C.
#1: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct.,Genet. / 年: 2010
タイトル: p-Coumaric acid decarboxylase from Lactobacillus plantarum: Structural insights into the active site and decarboxylation catalytic mechanism
著者: Rodriguez, H. / Angulo, I. / de las Rivas, B. / Campillo, N. / Paez, J.A. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Structure and sequence relationships in the lipcalins and related proteins
著者: Flower, D.R. / North, A.C.T. / Attwood, T.K.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2000
タイトル: The bacterial lipocalins.
著者: Bishop, R.E.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: Phenolic-acid mediated regulation of the padC gene encoding the phenolic acid decarboxylase of Bacillus subtilus
著者: Tran, N.P. / Gury, J. / Dartois, V. / Nguyen, T.K.C. / Seraut, H. / Barthelmebs, L. / Gervais, P. / Cavin, J.-F.
#5: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1995
タイトル: Cloning, sequencing and expression in Escherichia coli of the Bacillus pumilus gene for ferulic acid decarboxylase
著者: Zago, A. / Degrassi, G. / Bruschi, C.V.
履歴
登録2010年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferulate decarboxylase
B: Ferulate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3093
ポリマ－38,2132
非ポリマー961
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.107, 109.964, 45.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ferulate decarboxylase / Ferulic acid decarboxylase


分子量: 19106.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: UI-670 / 遺伝子: fdc, padC / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q45361
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Na/K tartarate, 0.1 M tri-sodium citrate, 0.5 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: Rayonix 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月4日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 double crystal Diamond(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 52226 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Num. unique all: 4990 / Χ2: 0.876 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P8G

2p8g


解像度: 1.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.244 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.876 / SU B: 3.445 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / SU Rfree: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2653 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 52132 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.32 Å2 / Biso mean: 19.448 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 5 368 3039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.933766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1825326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52423.931145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28915464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.7951515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5221.51602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04622624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78231166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0474.51138
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.731 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 162 -
Rwork0.258 3316 -
all-3478 -
obs--90.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5932-0.4989-0.28820.73710.09860.8742-0.0165-0.0229-0.03910.03910.038-0.0207-0.031-0.0163-0.0215-0.0239-0.0001-0.006-0.0394-0.0019-0.0248-15.3567-31.2526-18.374
20.3871-0.2385-0.16820.7270.04330.64370.0021-0.01250.0376-0.0843-0.00850.0644-0.0054-0.0170.0064-0.0180.0157-0.0099-0.027-0.0017-0.0097-28.7673-10.6977-27.0182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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