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万見
- PDB-3na7: 2.2 Angstrom Structure of the HP0958 Protein from Helicobacter py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3na7
タイトル2.2 Angstrom Structure of the HP0958 Protein from Helicobacter pylori CCUG 17874
要素HP0958
キーワードGene Regulation / Chaperone / flagellar biogenesis / flagellum export / C4 Zn-ribbon / Coiled-coil / post-transcriptional
機能・相同性Helix Hairpins - #1490 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Caly, D.L. / O'Toole, P.W. / Moore, S.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The 2.2-A Structure of the HP0958 Protein from Helicobacter pylori Reveals a Kinked Anti-Parallel Coiled-Coil Hairpin Domain and a Highly Conserved Zn-Ribbon Domain
著者: Caly, D.L. / O'Toole, P.W. / Moore, S.A.
履歴
登録2010年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HP0958
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1274
ポリマ－29,7991
非ポリマー3283
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.720, 37.951, 66.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HP0958


分子量: 29799.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: CCUG 17874 / 遺伝子: HP0958 / Plasmid details: Glutathione S-Transferase fusion vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN CURRENTLY EXISTS IN UNIPROT. THE RESIDUES, 72, 120, ...NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN CURRENTLY EXISTS IN UNIPROT. THE RESIDUES, 72, 120, 139, 140, 141, 166, 238, AND 239 ARE STRAIN SPECIFIC VARIATIONS RELATIVE TO STRAIN 26695.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 20734 / Num. obs: 19056 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1327 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 13.592 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29378 981 5.2 %RANDOM
Rwork0.24844 ---
obs0.25067 18062 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å20.77 Å2
2--5.64 Å20 Å2
3----3.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 17 49 1994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3162.0032613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5395236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.91526.27794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.02115438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3381.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4521909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5963776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6023.5704
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.322 41
Rwork0.304 893
obs-934
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.91452.1412-4.2212.2036-3.31986.3771-0.02020.12440.03230.09950.26260.1274-0.1977-0.3438-0.24240.20440.11090.06610.11420.1060.20614.24272.939267.2749
27.538-3.3041-6.93571.67623.00277.2607-0.08890.0123-0.0951-0.02540.046-0.0040.09080.18690.04280.0748-0.0137-0.04160.0589-0.02440.071945.6192-0.563529.1996
30.41120.98941.13562.51843.17575.6335-0.04210.02880.1752-0.1264-0.10110.4083-0.0668-0.58910.14320.13590.0114-0.03770.28170.11770.2102-8.7764-15.190466.1061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION1A144 - 167
3X-RAY DIFFRACTION2A29 - 83
4X-RAY DIFFRACTION2A91 - 143
5X-RAY DIFFRACTION3A170 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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