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万見
- PDB-3n9v: Crystal Structure of INPP5B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9v
タイトルCrystal Structure of INPP5B
要素Type II inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
キーワードHYDROLASE / INPP5B / Phosphoinositide 5-phosphatase / inositol signalling / phosphatase / magnesium / structural genomics / SGC / SGC Stockholm / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / flagellated sperm motility / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / flagellated sperm motility / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / phagocytic vesicle membrane / early endosome membrane / spermatogenesis / in utero embryonic development / Golgi apparatus / signal transduction / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A ...INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kol, S. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / van der Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural basis for phosphoinositide substrate recognition, catalysis, and membrane interactions in human inositol polyphosphate 5-phosphatases
著者: Tresaugues, L. / Silvander, C. / Flodin, S. / Welin, M. / Nyman, T. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Berglund, H. / Nordlund, P.
履歴
登録2010年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
B: Type II inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4857
ポリマ－72,2642
非ポリマー2215
水1,02757
1
A: Type II inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2884
ポリマ－36,1321
非ポリマー1563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type II inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1963
ポリマ－36,1321
非ポリマー642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.160, 110.660, 159.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Type II inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / Phosphoinositide 5-phosphatase / 5PTase / 75 kDa inositol polyphosphate-5-phosphatase


分子量: 36131.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 342-647 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPP5B / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: P32019, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72.548 Å / Num. all: 25087 / Num. obs: 25062 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 79.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.793 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3602 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I9Y

1i9y


解像度: 2.65→53.661 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 1146 4.58 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.1914 25049 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.562 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1499 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.4532 Å20 Å2
3----9.6967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→53.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4645 0 10 57 4712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2576458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6331655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.77060.33111490.26312935X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.91670.26761300.23582971X-RAY DIFFRACTION100
2.9167-3.09940.2881450.21932953X-RAY DIFFRACTION100
3.0994-3.33870.26291500.19092952X-RAY DIFFRACTION100
3.3387-3.67460.21641490.17712954X-RAY DIFFRACTION100
3.6746-4.20610.19661520.16092975X-RAY DIFFRACTION100
4.2061-5.29860.16881390.14293031X-RAY DIFFRACTION100
5.2986-53.67250.25821320.20753132X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6127-1.0010.61761.6215-0.18281.64760.07230.11840.09650.0560.07920.2434-0.3385-0.3772-00.42290.03520.05730.44870.05780.4631-22.8689-6.347-20.3111
22.076-0.0259-0.67683.0809-0.65352.18620.05840.2461-0.1377-0.3570.0850.32830.3266-0.154800.3273-0.0105-0.02870.32040.02890.2865-21.997-17.7784-25.6651
32.0871-0.58970.68032.0725-0.04052.71750.04750.11940.16980.05580.0594-0.2166-0.02490.0267-00.6137-0.0028-0.04620.4865-0.04180.54668.7149-6.2028-18.154
41.6045-0.38481.87051.5881-0.22.5961-0.1664-0.0020.60960.5960.0289-0.4107-1.18580.403400.8021-0.2399-0.10630.5351-0.02160.820917.05557.8626-18.263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 261:328)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 329:563)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 261:404)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 405:562)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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