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- PDB-3n9t: Cryatal structure of Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9t
タイトルCryatal structure of Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase from Pseudomonas putida DLL-E4
要素PnpC
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHOSPHOLIPID BINDS / N-TERMINAL HELIX TUNNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase activity / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyquinol/catechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Hydroxyquinol/catechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRATE ANION / Chem-HGX / PnpC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / ML / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, W. / Shen, W. / Fang, P. / Li, J. / Cui, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cryatal structure of Hydroxyquinol 1,2-dioxygenase from Pseudomonas putida DLL-E4
著者: Liu, W. / Shen, W. / Fang, P. / Li, J. / Cui, Z.
履歴
登録2010年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PnpC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4414
ポリマ－32,4891
非ポリマー9523
水1,874104
1
A: PnpC
ヘテロ分子

A: PnpC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8828
ポリマ－64,9782
非ポリマー1,9046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6440 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.362, 38.933, 82.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PnpC / HYDROXYQUINOL 1 / 2-DIOXYGENASE


分子量: 32489.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: DLL-E4 / 遺伝子: pnpC / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)) / 参照: UniProt: C6FI44, hydroxyquinol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HGX / 1-HEPTADECANOYL-2-TRIDECANOYL-3-GLYCEROL-PHOSPHONYL CHOLINE


分子量: 706.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H77NO8P
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % / Mosaicity: 0.552 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, trisodium citrate, pH 7.5, vapor diffusion, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.94722 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→72.58 Å / Num. obs: 20567 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Num. unique all: 1024 / Χ2: 0.886 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: ML
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_FTF
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.29 Å
Translation2.5 Å36.29 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 20562
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.02-10033.20.734507
5.56-7.0238.60.854501
4.85-5.5629.20.908507
4.38-4.8527.80.934514
4.06-4.3828.20.932518
3.8-4.06310.91535
3.59-3.833.90.93568
3.41-3.5932.80.927618
3.25-3.4135.50.924634
3.11-3.2534.40.918684
2.99-3.1137.10.903669
2.88-2.9938.40.901735
2.79-2.8836.90.905735
2.7-2.79370.919764
2.62-2.736.90.903795
2.55-2.62370.896799
2.48-2.5537.10.903813
2.42-2.4840.70.912890
2.36-2.4242.20.899869
2.3-2.3642.30.903893
2.25-2.341.60.921915
2.21-2.25410.928937
2.16-2.2143.60.919959
2.12-2.1642.10.923970
2.08-2.12450.9191012
2.04-2.0846.80.903974
2-2.04520.8831247

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TMX

1tmx


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.231 / WRfactor Rwork: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.839 / SU B: 3.965 / SU ML: 0.113 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / SU Rfree: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24384 1056 5.1 %RANDOM
Rwork0.18376 ---
obs0.18678 20562 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 23.531 Å2 / Biso min: 8.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-0.06 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 62 104 2418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.911.9733215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.596311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5745285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26224.202119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30215356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.131515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2941.51426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0271.52
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2222300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5253950
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1924.5915
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 87 -
Rwork0.198 1366 -
all-1453 -
obs--93.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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