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- PDB-3n9l: ceKDM7A from C.elegans, complex with H3K4me3 peptide and NOG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9l
タイトルceKDM7A from C.elegans, complex with H3K4me3 peptide and NOG
要素
  • Histone H3 peptide
  • Putative uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / histone / methylation / demethylase / PHD / Jmjc / Fe(II) and alpha-KG (alpha-ketoglutarate)-dependent dioxygenase family
機能・相同性
機能・相同性情報


PKMTs methylate histone lysines / HATs acetylate histones / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function ...PKMTs methylate histone lysines / HATs acetylate histones / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Condensation of Prophase Chromosomes / RMTs methylate histone arginines / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / transcription coregulator activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / histone binding / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1360 / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Cupin / Herpes Virus-1 / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1360 / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Cupin / Herpes Virus-1 / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histone H3 signature 1. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Histone H3 / Lysine-specific demethylase 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.796 Å
データ登録者Yang, Y. / Hu, L. / Wang, P. / Hou, H. / Chen, C.D. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into a dual-specificity histone demethylase ceKDM7A from Caenorhabditis elegans
著者: Yang, Y. / Hu, L. / Wang, P. / Hou, H. / Lin, Y. / Liu, Y. / Li, Z. / Gong, R. / Feng, X. / Zhou, L. / Zhang, W. / Dong, Y. / Yang, H. / Lin, H. / Wang, Y. / Chen, C.D. / Xu, Y.
履歴
登録2010年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Histone H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8876
ポリマ－63,5532
非ポリマー3344
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.912, 87.264, 102.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / lysine demethylase


分子量: 61945.496 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD domain, UNP residues 201-724 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: F29B9.2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GYI0, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3 peptide


分子量: 1607.877 Da / 分子数: 1 / 断片: JMJC domain, UNP residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis, purchased from a company / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P08898

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非ポリマー , 4種, 100分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 3350, 0.2M Sodium Fluoride, 0.1M Bis-Tris/HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.2828 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.796→50 Å / Num. obs: 15846 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 41.98 Å2 / Num. measured all: 128353
反射 シェル解像度: 2.796→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_353)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N9M

3n9m


解像度: 2.796→44.189 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.825 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 768 5.01 %
Rwork0.197 14557 -
obs0.1999 15325 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.832 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 124.14 Å2 / Biso mean: 44.9357 Å2 / Biso min: 14.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8274 Å20 Å2-0 Å2
2--3.6362 Å20 Å2
3----4.4637 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.796→44.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 13 96 4158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8325617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6781569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7961-3.01190.30621340.23742732X-RAY DIFFRACTION91
3.0119-3.31490.3041490.22982788X-RAY DIFFRACTION95
3.3149-3.79440.27741640.19682946X-RAY DIFFRACTION98
3.7944-4.77960.23321510.16462961X-RAY DIFFRACTION99
4.7796-44.19480.20911700.18443130X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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