PDB-3n99: Crystal structure of TM1086

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n99

タイトル

Crystal structure of TM1086

要素

uncharacterized protein TM1086

キーワード

structural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

tm1086 (SG structure) fold / tm1086 (SG structure) domain / tm1086 fold / tm1086 domain / Protein of unknown function DUF4438 / TM_1086 superfamily / TM_1086, SG structure domain / : / Domain of unknown function (DUF4438), N-terminal / Domain of unknown function (DUF4438), C-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Chruszcz, M. / Domagalski, M.J. / Wang, S. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TM1086
著者: Chruszcz, M. / Domagalski, M.J. / Wang, S. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.

履歴

登録	2010年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3n99.ent.gz	2.5 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3n99_validation.pdf.gz	577.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n99_full_validation.pdf.gz	599.1 KB	表示
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CIF形式データ	3n99_validation.cif.gz	458.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/3n99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/3n99	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3dclSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dcl-1 6ut3-d 5h8l-1 3mqt-1 3jw7-d 10400 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC4579

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein TM1086

B: uncharacterized protein TM1086

C: uncharacterized protein TM1086

D: uncharacterized protein TM1086

E: uncharacterized protein TM1086

G: uncharacterized protein TM1086

H: uncharacterized protein TM1086

I: uncharacterized protein TM1086

J: uncharacterized protein TM1086

K: uncharacterized protein TM1086

L: uncharacterized protein TM1086

M: uncharacterized protein TM1086

N: uncharacterized protein TM1086

O: uncharacterized protein TM1086

P: uncharacterized protein TM1086

S: uncharacterized protein TM1086

T: uncharacterized protein TM1086

U: uncharacterized protein TM1086

V: uncharacterized protein TM1086

X: uncharacterized protein TM1086

a: uncharacterized protein TM1086

b: uncharacterized protein TM1086

c: uncharacterized protein TM1086

d: uncharacterized protein TM1086

e: uncharacterized protein TM1086

g: uncharacterized protein TM1086

h: uncharacterized protein TM1086

i: uncharacterized protein TM1086

j: uncharacterized protein TM1086

k: uncharacterized protein TM1086

ヘテロ分子

936 kDa, 30 ポリマー
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1

A: uncharacterized protein TM1086

B: uncharacterized protein TM1086

C: uncharacterized protein TM1086

D: uncharacterized protein TM1086

E: uncharacterized protein TM1086

G: uncharacterized protein TM1086

H: uncharacterized protein TM1086

I: uncharacterized protein TM1086

J: uncharacterized protein TM1086

K: uncharacterized protein TM1086

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
312 kDa, 10 ポリマー
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2

L: uncharacterized protein TM1086

M: uncharacterized protein TM1086

N: uncharacterized protein TM1086

O: uncharacterized protein TM1086

P: uncharacterized protein TM1086

S: uncharacterized protein TM1086

T: uncharacterized protein TM1086

U: uncharacterized protein TM1086

V: uncharacterized protein TM1086

X: uncharacterized protein TM1086

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
312 kDa, 10 ポリマー
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3

a: uncharacterized protein TM1086

b: uncharacterized protein TM1086

c: uncharacterized protein TM1086

d: uncharacterized protein TM1086

e: uncharacterized protein TM1086

g: uncharacterized protein TM1086

h: uncharacterized protein TM1086

i: uncharacterized protein TM1086

j: uncharacterized protein TM1086

k: uncharacterized protein TM1086

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
312 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	289.839, 299.521, 316.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	G
7	1	H
8	1	I
9	1	J
10	1	K
11	1	L
12	1	M
13	1	N
14	1	O
15	1	P

詳細

decamer

#1: タンパク質	... uncharacterized protein TM1086 分子量: 31106.725 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM_1086 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q9X0H2
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 60% Tacsimate, 0.1M Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 537068 / Num. obs: 537068 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 26709 / R_sym value: 0.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DCL

3dcl

解像度: 2.38→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.28 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1913	26930	5 %	RANDOM
R_work	0.1514	-	-	-
all	0.15338	509826	-	-
obs	0.15338	509826	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.764 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	63060	0	86	5054	68200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	64640
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	43441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.967	87470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.293	3	106940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.679	5	8554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.46	24.351	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.514	15	11415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.194	15	343
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	10043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	72135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	11776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.928	1.5	41799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	17639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.907	2	67437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.256	3	22841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.744	4.5	19977
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3391 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.32	0.5
B	medium positional	0.31	0.5
C	medium positional	0.31	0.5
D	medium positional	0.29	0.5
E	medium positional	0.29	0.5
G	medium positional	0.46	0.5
H	medium positional	0.35	0.5
I	medium positional	0.47	0.5
J	medium positional	0.34	0.5
K	medium positional	0.32	0.5
L	medium positional	0.3	0.5
M	medium positional	0.27	0.5
N	medium positional	0.29	0.5
O	medium positional	0.32	0.5
P	medium positional	0.3	0.5
S	medium positional	0.36	0.5
T	medium positional	0.29	0.5
U	medium positional	0.29	0.5
V	medium positional	0.32	0.5
X	medium positional	0.42	0.5
a	medium positional	0.26	0.5
b	medium positional	0.34	0.5
c	medium positional	0.3	0.5
d	medium positional	0.3	0.5
e	medium positional	0.39	0.5
g	medium positional	0.49	0.5
h	medium positional	0.37	0.5
i	medium positional	0.3	0.5
j	medium positional	0.37	0.5
k	medium positional	0.46	0.5
A	medium thermal	1.68	2
B	medium thermal	1.99	2
C	medium thermal	3.41	2
D	medium thermal	2.72	2
E	medium thermal	2.77	2
G	medium thermal	2.54	2
H	medium thermal	2.54	2
I	medium thermal	1.58	2
J	medium thermal	4.91	2
K	medium thermal	3.59	2
L	medium thermal	2.6	2
M	medium thermal	2.18	2
N	medium thermal	1.94	2
O	medium thermal	2.31	2
P	medium thermal	2.46	2
S	medium thermal	3.43	2
T	medium thermal	2.22	2
U	medium thermal	3.51	2
V	medium thermal	1.75	2
X	medium thermal	1.7	2
a	medium thermal	3.03	2
b	medium thermal	3.77	2
c	medium thermal	2.46	2
d	medium thermal	2.26	2
e	medium thermal	1.69	2
g	medium thermal	3.53	2
h	medium thermal	3.49	2
i	medium thermal	2.82	2
j	medium thermal	3.5	2
k	medium thermal	1.91	2

LS精密化シェル

解像度: 2.381→2.443 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	1794	-
R_work	0.219	33670	-
obs	-	-	89.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2073	-0.0084	-0.0163	0.102	-0.1764	0.3134	0.0097	-0.0059	-0.0098	-0.0029	-0.0029	0.0105	-0.0011	0.0048	-0.0069	0.012	-0.0123	-0.0137	0.0568	-0.0031	0.0225	-22.014	86.748	24.595
2	0.3194	0.0073	-0.0185	0.103	-0.1072	0.1181	-0.0161	0.0083	0.0019	-0.0127	0.0152	0.0069	0.0077	-0.0071	0.0009	0.0089	-0.0122	-0.0075	0.057	0.0017	0.0116	16.312	88.817	21.248
3	0.2087	-0.0074	0.0732	0.0942	-0.0908	0.109	-0.0149	0.0098	-0.0278	0.0013	0.0223	-0.0019	-0.0074	-0.0165	-0.0073	0.0064	-0.0027	-0.0026	0.0236	-0.0034	0.0402	31.789	69.925	51.002
4	0.3574	0.0234	0.0522	0.0213	-0.027	0.1019	-0.018	0.0105	0.0039	0.0071	-0.0131	-0.0029	-0.0044	-0.0001	0.0311	0.0117	-0.0177	-0.0047	0.044	-0.0002	0.032	-30.116	66.703	56.465
5	0.2377	0.0874	-0.0997	0.0966	-0.1169	0.2038	-0.0003	0.0074	0.0043	0.0068	0.0066	0.0024	0.0111	0.0049	-0.0063	0.0107	-0.0045	-0.0061	0.0239	0.0097	0.0483	3.188	56.4	72.897
6	0.3225	0.1067	0.1618	0.1696	-0.0092	0.3715	0.0015	-0.0648	0.046	-0.0063	-0.0317	0.0281	-0.0053	-0.039	0.0302	0.0137	-0.001	0.0135	0.0699	-0.0342	0.0328	-26.616	91.483	79.025
7	0.4061	0.0786	-0.0383	0.346	-0.1713	0.0873	0.0164	-0.0584	0.0242	0.0597	-0.0259	-0.0148	-0.025	0.0076	0.0094	0.0252	-0.0192	-0.009	0.0646	-0.0229	0.0239	9.937	85.306	89.226
8	0.258	0.0485	-0.0857	0.1558	-0.0331	0.1112	-0.0097	0.0018	0.012	0.005	0.0057	0.0126	0.0024	-0.0154	0.0041	0.0161	-0.0165	-0.011	0.0298	-0.0059	0.0417	32.465	101.618	62.68
9	0.3292	0.1219	0.0454	0.0817	-0.0145	0.5403	-0.0186	-0.0113	0.06	0.0053	-0.001	0.0312	-0.0852	-0.0733	0.0196	0.024	0.0284	-0.0065	0.0439	-0.0206	0.0742	-26.673	112.208	46.432
10	0.3932	-0.1089	0.066	0.0729	-0.0448	0.3328	0.0132	0.0025	0.0936	-0.0251	-0.0031	0.0014	-0.0487	-0.002	-0.0101	0.0333	-0.0078	-0.0192	0.0109	0.0102	0.0685	10.01	118.501	36.324
11	0.0115	0.0104	0.0001	0.1426	-0.0603	0.3686	-0.0165	0.0007	0.0118	0.0004	0.0225	-0.0058	0.0138	0.0013	-0.006	0.0339	-0.0125	-0.0213	0.0345	0.0043	0.017	-66.844	56.697	29.897
12	0.0681	0.1343	0.0027	0.2856	0.002	0.1632	-0.0139	-0.0073	0.002	-0.0159	0.0034	0.0105	-0.008	0.0162	0.0104	0.0495	-0.0021	-0.0049	0.0228	0.0056	0.0183	-86.765	24.698	21.889
13	0.087	0.081	0.003	0.1633	0.0821	0.3284	0.0107	-0.0012	-0.0117	0.0131	0.0055	0.0022	0.0015	0.0054	-0.0162	0.0436	-0.0136	0.004	0.0133	-0.0092	0.0165	-88.749	21.362	-16.395
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23	0.159	0.0717	0.1215	0.1928	0.0729	0.1	-0.0139	-0.0212	0.0133	-0.0117	0.0014	-0.0213	-0.0012	-0.0105	0.0125	0.0332	0.0142	-0.0063	0.0087	-0.0043	0.034	-51.151	-32.035	69.776
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27	0.4862	0.0284	0.03	0.3126	-0.1264	0.0562	0.002	-0.0761	0.0507	0.0419	0.0004	-0.0002	-0.014	-0.0013	-0.0024	0.0425	0.0284	0.0006	0.0416	-0.0231	0.0353	-46.27	26.365	112.048
28	0.0783	-0.0665	0.1481	0.338	-0.0077	0.3888	-0.0069	-0.0291	-0.0296	0.0238	0.0194	0.0532	0.0288	-0.0804	-0.0124	0.0182	-0.009	0.0249	0.0361	0.0164	0.0655	-89.237	-10.325	85.403
29	0.2872	-0.0297	0.0775	0.1783	-0.121	0.1321	-0.0121	-0.0103	-0.0184	0.0168	0.0089	-0.0038	0.0017	0.0074	0.0031	0.0213	0.021	0.0118	0.0303	-0.005	0.0403	-78.895	26.231	91.619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 280
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 280
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	1 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	8	I	1 - 280
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	k	1 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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