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- PDB-3n77: Crystal structure of Idp01880, putative NTP pyrophosphohydrolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n77
タイトルCrystal structure of Idp01880, putative NTP pyrophosphohydrolase of Salmonella typhimurium LT2
要素Nucleoside triphosphatase nudI
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / ISFI / SURFACE ENTROPY REDUCTION / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / INTEGRATED CENTER FOR STRUCTURE AND FUNCTION INNOVATION / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID)
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP diphosphatase / dTTP diphosphatase activity / dCTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside triphosphatase NudI / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Nucleoside triphosphatase NudI / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside triphosphatase NudI
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Frydrysiak, J. / Cooper, D.R. / Derewenda, U. / Anderson, W.F. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Idp01880, putative NTP pyrophosphohydrolase of Salmonella typhimurium LT2
著者: Frydrysiak, J. / Cooper, D.R. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside triphosphatase nudI
B: Nucleoside triphosphatase nudI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8332
ポリマ－32,8332
非ポリマー00
水3,675204
1
A: Nucleoside triphosphatase nudI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4171
ポリマ－16,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoside triphosphatase nudI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4171
ポリマ－16,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Nucleoside triphosphatase nudI

B: Nucleoside triphosphatase nudI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8332
ポリマ－32,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area1710 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.498, 66.268, 50.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside triphosphatase nudI


分子量: 16416.703 Da / 分子数: 2 / 変異: L118A, E120A, E121A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: nudI, STM2295, yfaO / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8ZNF5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200nl of protein at 20mg/ml was mixed with 200nl of 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 17%w/v PEG10000 suspended over reservoir of 60 ul of 1.5M NaCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 15.31 / 数: 138799 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Χ2: 1.75 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23944 / % possible obs: 95
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.885099.810.2391.878.4
3.884.8810010.2121.7498.9
3.393.8810010.2181.8238.8
3.083.3910010.2441.9078.5
2.863.0810010.2611.8398
2.692.8610010.271.9897.2
2.552.6999.810.2751.9536.6
2.442.5599.810.2791.8186.1
2.352.4499.910.2721.8075.8
2.272.3510010.2821.6555.5
2.22.2799.710.2791.8765.3
2.132.299.810.2751.6375.1
2.082.1399.910.2781.7354.9
2.032.0899.810.2921.5634.6
1.982.0399.410.2891.4054.3
1.941.9899.210.3231.323.9
1.91.9495.510.3341.1383.3
1.861.989.410.3441.0232.8
1.831.8676.110.3070.92.2
1.81.8341.610.3580.8941.6
反射解像度: 1.86→40 Å / Num. obs: 22053 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.86-1.9320.21179.4
1.93-22.50.16595.2
2-2.0930.13699.2
2.09-2.213.30.10899.8
2.21-2.343.40.09399.9
2.34-2.523.50.07399.9
2.52-2.783.50.061100
2.78-3.183.50.05599.9
3.18-4.013.50.06599.8
4.01-403.40.06398.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GRN

3grn


解像度: 1.86→38.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.791 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23348 1041 4.7 %RANDOM
Rwork0.16694 ---
obs0.17 20995 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å21.11 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→38.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 0 0 204 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9673171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19633887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7825292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90723.559118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47515409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2471524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.861→1.909 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 41 -
Rwork0.204 1144 -
obs--73.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8019-0.0207-0.13291.35970.27510.0984-0.0635-0.0453-0.04540.13350.03280.11550.04480.01430.03070.030.0040.01410.02780.00750.0124-10.344114.057636.4897
21.79-0.2267-0.27361.7062-0.14460.4223-0.03230.1329-0.0316-0.23830.02220.11650.02350.00130.010.0556-0.0097-0.02430.02490.00010.0126-8.6596-1.45656.7996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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