PDB-3n73: Crystal structure of a putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n73

タイトル

Crystal structure of a putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase from Bacillus cereus

要素

Putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

キーワード

LYASE / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / KDGP aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Cabello, R. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Zimmerman, M.D. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase from Bacillus cereus
著者: Cabello, R. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Zimmerman, M.D. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.

履歴

登録	2010年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n73.cif.gz	176.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n73.ent.gz	138.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e0a-d 5a47-d 4el7-d 6kzk-3 3vcg-d 6g89-d 1lr3-d 4el3-d 5fgx-d 6sro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7630

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

B: Putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

ヘテロ分子

54.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.066, 166.644, 37.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	Putative 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase 分子量: 27186.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_5001 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) (Stratagene) / 参照: UniProt: Q72YM0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS PH6.5, 0.2M NACL, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION - HANGING DROP, TEMPERATURE 273K, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 30820 / Num. obs: 30820 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 26.371
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1452 / R_sym value: 0.673 / % possible all: 66.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.07→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.059 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22128	1561	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16892	-	-	-
all	0.17161	29151	-	-
obs	0.17161	29151	96.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.068 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3775	0	3	327	4105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.963	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.145	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.718	25.185	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.692	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.409	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.659	1.5	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.196	1.5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.159	2	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.093	3	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.479	4.5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3158 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.3	0.5
medium thermal	0.58	2

LS精密化シェル

解像度: 2.071→2.125 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	86	-
R_work	0.218	1436	-
obs	-	-	66.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5292	0.1347	-2.3153	1.8088	0.5121	6.4263	-0.1674	-0.028	0.1537	-0.1165	-0.0009	0.2037	-0.2122	-0.3303	0.1683	0.0835	0.04	-0.0841	0.058	-0.0144	0.1086	59.229	58.258	-12.737
2	3.5572	-0.6495	0.6102	6.2939	-1.6195	4.4714	-0.1685	-0.3449	-0.0721	0.4117	0.1788	0.3754	-0.0067	-0.3587	-0.0102	0.0737	0.0496	0.029	0.1294	-0.0454	0.1019	52.973	47.058	-4.17
3	0.8671	0.0323	0.1884	1.1874	0.3685	0.6865	-0.0579	-0.0855	0.0101	0.0323	0.0525	-0.0432	-0.0333	0.0021	0.0054	0.0434	0.0234	-0.0145	0.0569	0.0079	0.0318	69.717	44.64	-12.094
4	6.6239	-0.4003	-8.9384	4.5568	-1.1301	17.4022	0.0824	-0.2668	0.5074	-0.1696	0.0082	-0.2424	-0.7012	0.2063	-0.0906	0.1364	0.0012	-0.0669	0.0401	-0.0163	0.1632	69.421	65.625	-13.783
5	2.4421	-0.0631	-1.0824	2.4533	0.8196	4.2796	-0.143	-0.0419	0.2636	-0.2404	0.0107	0.2918	-0.4102	-0.3184	0.1322	0.1932	0.0151	-0.1099	0.0385	-0.0065	0.1905	15.283	79.931	19.321
6	1.8115	0.0418	-1.569	4.4166	-0.065	2.1457	-0.1448	-0.3036	0.1833	0.1903	0.1413	0.1199	0.0321	-0.0558	0.0035	0.1323	0.0492	-0.0174	0.2004	-0.0605	0.1496	11.123	67.216	27.98
7	0.7032	0.0745	0.0429	2.0119	0.2549	0.8634	-0.0778	-0.0293	0.0982	-0.1338	0.0625	-0.119	-0.1775	0.0706	0.0153	0.0964	-0.0414	-0.0086	0.0565	0.0063	0.0748	28.262	66.062	18.387
8	2.5937	0.2321	-0.097	2.2526	-0.5091	5.6923	-0.1212	-0.2917	0.3201	0.0306	0.0179	0.0698	-0.5263	-0.1273	0.1033	0.1477	-0.0074	-0.0814	0.0638	-0.0389	0.1617	23.102	83.459	24.191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	75 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	234 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	40 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	214 - 250

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