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- PDB-3n6q: Crystal structure of YghZ from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n6q
タイトルCrystal structure of YghZ from E. coli
要素YghZ aldo-keto reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal catabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
: / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-glyceraldehyde 3-phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zubieta, C. / Totir, M. / Echols, N. / May, A. / Alber, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Macro-to-Micro Structural Proteomics: Native Source Proteins for High-Throughput Crystallization.
著者: Totir, M. / Echols, N. / Nanao, M. / Gee, C.L. / Moskaleva, A. / Gradia, S. / Iavarone, A.T. / Berger, J.M. / May, A.P. / Zubieta, C. / Alber, T.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YghZ aldo-keto reductase
B: YghZ aldo-keto reductase
C: YghZ aldo-keto reductase
D: YghZ aldo-keto reductase
E: YghZ aldo-keto reductase
F: YghZ aldo-keto reductase
G: YghZ aldo-keto reductase
H: YghZ aldo-keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,22717
ポリマ－311,0098
非ポリマー2199
水47,5962642
1
A: YghZ aldo-keto reductase
B: YghZ aldo-keto reductase
C: YghZ aldo-keto reductase
D: YghZ aldo-keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6269
ポリマ－155,5044
非ポリマー1225
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area48060 Å2
手法PISA
2
E: YghZ aldo-keto reductase
F: YghZ aldo-keto reductase
G: YghZ aldo-keto reductase
H: YghZ aldo-keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6028
ポリマ－155,5044
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area47850 Å2
手法PISA
3
A: YghZ aldo-keto reductase
B: YghZ aldo-keto reductase
C: YghZ aldo-keto reductase
D: YghZ aldo-keto reductase
ヘテロ分子

E: YghZ aldo-keto reductase
F: YghZ aldo-keto reductase
G: YghZ aldo-keto reductase
H: YghZ aldo-keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,22717
ポリマ－311,0098
非ポリマー2199
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area20970 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area89910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.700, 98.056, 98.257
Angle α, β, γ (deg.)90.27, 92.97, 106.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
YghZ aldo-keto reductase


分子量: 38876.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha / 参照: UniProt: Q46851
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M MgFormate, 0.1M MES pH 6, 7.5% PEG 20,000, 4% 1,4 butanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 193K, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→98 Å / Num. all: 294303 / Num. obs: 294303 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 42267 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2A79

2a79


解像度: 1.8→94.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.462 / SU ML: 0.075 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1.3 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2087 14824 5.1 %RANDOM
Rwork0.16875 ---
obs0.17077 277925 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å2-0.7 Å20.34 Å2
2---0.52 Å2-0.22 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→94.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19673 0 9 2642 22324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02120400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.96227685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58552570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75324.042997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.701153518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.15215157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.23003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02115681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4751.512503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.359219960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.76337897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8764.57681
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 1065 -
Rwork0.329 19950 -
obs-19950 93.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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