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- PDB-3n4s: Structure of Csm1 C-terminal domain, P21212 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4s
タイトルStructure of Csm1 C-terminal domain, P21212 form
要素Monopolin complex subunit CSM1
キーワードREPLICATION / meiosis / rDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / rDNA chromatin condensation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / homologous chromosome segregation ...microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / rDNA chromatin condensation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / homologous chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle / nuclear envelope / nucleolus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monopolin complex subunit CSM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: The Monopolin Complex Crosslinks Kinetochore Components to Regulate Chromosome-Microtubule Attachments.
著者: Corbett, K.D. / Yip, C.K. / Ee, L.S. / Walz, T. / Amon, A. / Harrison, S.C.
履歴
登録2010年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,43814
ポリマ－53,0554
非ポリマー2,38310
水2,972165
1
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2425
ポリマ－26,5272
非ポリマー7153
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
2
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1959
ポリマ－26,5272
非ポリマー1,6687
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.975, 134.044, 54.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Monopolin complex subunit CSM1 / Chromosome segregation in meiosis protein 1


分子量: 13263.705 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (residues 69-181) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM1, SPO86, YCR086W, YCR86W / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P25651
#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2.0 M Sodium malonate pH 6.4, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: cryogenically cooled 220 silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 22014 / Num. obs: 22014 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1039 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N4R

3n4r


解像度: 2.35→48.402 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 1128 5.14 %random
Rwork0.2075 ---
obs0.2088 21942 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.39 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4501 Å20 Å2-0 Å2
2--12.1077 Å20 Å2
3----1.6576 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3250 0 160 165 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9494613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.5991308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.4570.31331410.27562487X-RAY DIFFRACTION97
2.457-2.58660.29631310.23882602X-RAY DIFFRACTION100
2.5866-2.74860.25671340.2332549X-RAY DIFFRACTION100
2.7486-2.96080.26771510.22112564X-RAY DIFFRACTION100
2.9608-3.25870.23591420.2132576X-RAY DIFFRACTION100
3.2587-3.73010.21441390.17692622X-RAY DIFFRACTION100
3.7301-4.69890.1771380.1632651X-RAY DIFFRACTION100
4.6989-48.41230.23511520.21922763X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.976-0.7028-0.41771.10930.2550.5718-0.15130.17420.0330.09550.1312-0.1371-0.082-0.000100.216-0.01740.07630.1942-0.02030.264522.2169-13.8471-29.8734
22.5188-0.421-0.48821.1725-0.66231.1086-0.03840.1442-0.1684-0.08150.07140.07090.0238-0.0692-00.1679-0.04210.04180.1057-0.04350.20932.7568-20.015-21.4896
30.8095-0.31121.59410.8635-0.29221.5205-0.10020.2092-0.02610.11950.00290.074-0.17120.335500.2177-0.0047-0.0590.3474-0.00060.169328.933513.91569.1859
41.4024-0.90181.57621.6245-0.74921.93380.0188-0.03220.0384-0.1246-0.0456-0.070.02410.2498-00.1932-0.0155-0.01140.16870.00210.136917.391911.0612-9.3186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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