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- PDB-3n4n: Insights into the stabilizing contributions of a bicyclic cytosin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4n
タイトルInsights into the stabilizing contributions of a bicyclic cytosine analogue: crystal structures of DNA duplexes containing 7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-one
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3'
  • 5'-D(P*TP*TP*(B7C)P*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / bicyclic cytosine
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Takenaka, A. / Juan, E.C.M. / Shimizu, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Insights into the DNA stabilizing contributions of a bicyclic cytosine analogue: crystal structures of DNA duplexes containing 7,8-dihydropyrido [2,3-d]pyrimidin-2-one.
著者: Juan, E.C.M. / Shimizu, S. / Ma, X. / Kurose, T. / Haraguchi, T. / Zhang, F. / Tsunoda, M. / Ohkubo, A. / Sekine, M. / Shibata, T. / Millington, C.L. / Williams, D.M. / Takenaka, A.
履歴
登録2010年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3'
E: 5'-D(P*TP*TP*(B7C)P*GP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6562
ポリマ－3,6562
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area2670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.500, 26.500, 99.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-42-

HOH

21E-44-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3'


分子量: 1818.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*(B7C)P*GP*CP*G)-3'


分子量: 1838.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.60mM ssDNA, 20mM Sodium cacodylate (pH6.0), 6mM Spermine tetrahydrochloride, 40mM Potassium chloride, 6mM Sodium chloride, 0.2% CHAPS, 0.30mM Hoechst33258, 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: 0.60mM ssDNA, 20mM Sodium cacodylate (pH6.0), 6mM Spermine tetrahydrochloride, 40mM Potassium chloride, 6mM Sodium chloride, 0.2% CHAPS, 0.30mM Hoechst33258, 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 69.6
反射 シェル解像度: 1.92→3 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Num. unique all: 169 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DNH

1dnh


解像度: 1.92→11.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 539315.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 250 7.8 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs-3193 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.5197 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→11.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 246 0 49 295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.101 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 19 4.4 %
Rwork0.31 408 -
obs-246 80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_repBIC.paramdna-rnaBIC.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_repBIC.paramdna-rnaBIC.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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