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万見
- PDB-3n3y: Crystal structure of Thymidylate Synthase X (ThyX) from Helicobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n3y
タイトルCrystal structure of Thymidylate Synthase X (ThyX) from Helicobacter pylori with FAD and dUMP at 2.31A resolution
要素Thymidylate synthase thyX
キーワードTRANSFERASE / Thymidylate synthase ThyX / Helicobacter pylori
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #170 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Wang, K. / Wang, Q. / Chen, J. / Chen, L. / Jiang, H. / Shen, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure, Enzymatic Characterization and Inhibitor Discovery of Thymidylate Synthase X (ThyX) from Helicobacter pylori Strain SS1
著者: Wang, K. / Wang, Q. / Chen, J. / Chen, L. / Jiang, H. / Shen, X.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase thyX
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,17313
ポリマ－99,4894
非ポリマー4,6839
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area33520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.525, 79.956, 96.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase thyX / Thymidylate Synthase X / thyX / TS / TSase


分子量: 24872.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: SS1 / 遺伝子: ThyX / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5UVJ4, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % / Mosaicity: 0.602 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 20%(w/v) PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9794
シンクロトロンSSRF BL17U20.9794, 0.9796, 0.9719
検出器
タイプID検出器
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.97191
反射解像度: 2.307→50 Å / Num. obs: 42568 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.602 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.307→2.39 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Num. unique all: 4166 / Χ2: 1.126 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.307→37.687 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.833 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2144 5.04 %
Rwork0.174 --
obs0.176 42533 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.238 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.58 Å2 / Biso mean: 43.844 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.737 Å20 Å27.878 Å2
2--1.231 Å2-0 Å2
3----9.968 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.307→37.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6793 0 312 147 7252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1119836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7672710
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.307-2.390.2872040.2073856406096
2.39-2.4860.2991800.240564236100
2.486-2.5990.262170.19540454262100
2.599-2.7360.2731980.18440814279100
2.736-2.9070.2612250.20440144239100
2.907-3.1310.2732460.19940474293100
3.131-3.4460.2232190.17240814300100
3.446-3.9440.22310.15640204251100
3.944-4.9680.1722070.13940884295100
4.968-37.6920.1982170.1744101431898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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