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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n3f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Human Collagen XV Trimerization Domain: A Potent Trimerizing Unit Common to Multiplexin Collagens | ||||||
![]() | Collagen alpha-1(XV) chain | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() collagen type XV trimer / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / endothelial cell morphogenesis / extracellular matrix structural constituent / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix organization ...collagen type XV trimer / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / endothelial cell morphogenesis / extracellular matrix structural constituent / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wirz, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the human collagen XV trimerization domain: A potent trimerizing unit common to multiplexin collagens. 著者: Wirz, J.A. / Boudko, S.P. / Lerch, T.F. / Chapman, M.S. / Bachinger, H.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3hshS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6259.278 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1133-1186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.6 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris, 0.2 M MgCl2, 30% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.005→42.539 Å / Num. all: 6095 / Num. obs: 6095 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 22.838 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 35.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.005→2.01 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 15.6 / Num. unique all: 881 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.49 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.48
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB Entry 3HSH 解像度: 2.005→35.69 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 52.109 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.98 Å2 / Biso mean: 26.816 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.005→35.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.005→2.07 Å
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Xplor file |
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