PDB-3n2z: The Structure of Human Prolylcarboxypeptidase at 2.80 Angstroms R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n2z

タイトル

The Structure of Human Prolylcarboxypeptidase at 2.80 Angstroms Resolution

要素

Lysosomal Pro-X carboxypeptidase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / PrCP / serine carboxypeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

lysosomal Pro-Xaa carboxypeptidase / plasma kallikrein-kinin cascade / serine-type carboxypeptidase activity / neutrophil degranulation / blood coagulation, intrinsic pathway / regulation of blood vessel endothelial cell migration / basal part of cell / angiogenesis involved in wound healing / negative regulation of systemic arterial blood pressure / dipeptidyl-peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Soisson, S.M. / Patel, S.B. / Lumb, K.J. / Sharma, S.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural definition and substrate specificity of the S28 protease family: the crystal structure of human prolylcarboxypeptidase.
著者: Soisson, S.M. / Patel, S.B. / Abeywickrema, P.D. / Bryne, N.J. / Diehl, R.E. / Hall, D.L. / Ford, R.E. / Reid, J.C. / Rickert, K.W. / Shipman, J.M. / Sharma, S. / Lumb, K.J.

履歴

登録	2010年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n2z.cif.gz	101.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n2z.ent.gz	80.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jyh
類似構造データ	3jyh-2 3jyh-1 5xam-2 1ob2-d 5m4o-3 6kyi-d 1rld-d 1elo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Lysosomal Pro-X carboxypeptidase

ヘテロ分子

52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Lysosomal Pro-X carboxypeptidase

ヘテロ分子

B: Lysosomal Pro-X carboxypeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.140, 181.140, 240.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質

Lysosomal Pro-X carboxypeptidase / Prolylcarboxypeptidase / PRCP / Proline carboxypeptidase / Angiotensinase C / Lysosomal carboxypeptidase C

分子量: 50571.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRCP, PCP / Cell (発現宿主): CHO cells
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P42785, lysosomal Pro-Xaa carboxypeptidase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.8M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES, 1-2% PEG400 mixed in a 2:1 ratio, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 10.2 % / Av σ(I) over netI: 26.78 / 数: 671445 / R_merge(I) obs: 0.138 / Χ²: 1.78 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 66048 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.15	50	100	1	0.06	1.941	10.1
5.67	7.15	100	1	0.088	2.083	9.4
4.96	5.67	100	1	0.101	2.227	9.5
4.5	4.96	100	1	0.099	2.293	9.2
4.18	4.5	100	1	0.119	2.331	9.7
3.94	4.18	100	1	0.147	2.498	10.1
3.74	3.94	100	1	0.177	2.296	10.5
3.58	3.74	100	1	0.211	2.02	10.8
3.44	3.58	99.9	1	0.235	1.772	10.9
3.32	3.44	100	1	0.298	1.62	11
3.22	3.32	100	1	0.369	1.345	11
3.12	3.22	100	1	0.483	1.173	10.9
3.04	3.12	100	1	0.516	1.108	10.8
2.97	3.04	100	1	0.657	1.11	10.7
2.9	2.97	98.2	1	0.766	1.041	8

反射

解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 37814 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.189 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.594 / Num. unique all: 2513 / Χ²: 1.098 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
BUSTER	2.9.4	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.79→47.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	1875	4.99 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.218	37540	99.19 %	-
all	-	37897	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.06 Å² / B_iso mean: 64.574 Å² / B_iso min: 32.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.027 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-16.027 Å²	0 Å²
3-	-	-	32.055 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.433 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3539	0	89	76	3704

LS精密化シェル

解像度: 2.79→2.87 Å / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	136	4.79 %
R_work	0.315	2703	-
all	0.317	2839	-
obs	-	-	99.19 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)