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万見
- PDB-3n2y: Crystal structure of tyrosyl-tRNA synthetase complexed with p-(2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2y
タイトルCrystal structure of tyrosyl-tRNA synthetase complexed with p-(2-tetrazolyl)-phenylalanine
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / Photoclick Chemistry / p-(2-tetrazolyl)-phenylalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2H-tetrazol-2-yl)-L-phenylalanine / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Wu, M. / Li, J. / Zang, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: A biosynthetic route to photoclick chemistry on proteins
著者: Wang, J. / Zhang, W. / Song, W. / Wang, Y. / Yu, Z. / Li, J. / Wu, M. / Wang, L. / Zang, J. / Lin, Q.
履歴
登録2010年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4924
ポリマ－72,0262
非ポリマー4662
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.115, 101.115, 71.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / Tyrosine--tRNA ligase / TyrRS


分子量: 36012.867 Da / 分子数: 2 / 変異: Y32L,L65I,Q109M,D158G,L162V,V164G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: tyrS / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TEF / 4-(2H-tetrazol-2-yl)-L-phenylalanine / p-(2-tetrazolyl)-phenylalanine / 4-(2H-テトラゾ-ル-2-イル)フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 233.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris , 4% PEG 8000, 16% PEG 300, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.486→50 Å / Num. all: 25559 / Num. obs: 24812 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.486→2.54 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 995 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 77

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J1U

1j1u


解像度: 2.49→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.289 / WRfactor Rwork: 0.247 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.762 / SU R Cruickshank DPI: 0.473 / SU Rfree: 0.334 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1252 5.1 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.244 23503 96.9 %-
all-24255 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.47 Å2 / Biso mean: 33.243 Å2 / Biso min: 13.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20 Å20 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----3.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4880 0 34 100 5014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1282.0036684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9595608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6124.818220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.00115976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9641528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213662
LS精密化 シェル解像度: 2.486→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 74 -
Rwork0.313 1410 -
all-1484 -
obs-1305 78.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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