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万見
- PDB-3n2s: Structure of NfrA1 nitroreductase from B. subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2s
タイトルStructure of NfrA1 nitroreductase from B. subtilis
要素NADPH-dependent nitro/flavin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpga-beta-alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NADPH) activity
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN reductase (NADPH)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Morera, S. / Gueguen-Chaignon, V. / Meyer, P. / Cortial, S. / Ouazzani, J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: NADH oxidase activity of Bacillus subtilis nitroreductase NfrA1: insight into its biological role.
著者: Cortial, S. / Chaignon, P. / Iorga, B.I. / Aymerich, S. / Truan, G. / Gueguen-Chaignon, V. / Meyer, P. / Morera, S. / Ouazzani, J.
履歴
登録2010年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
B: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
C: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
D: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,62910
ポリマ－114,7334
非ポリマー1,8966
水7,062392
1
A: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
B: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3506
ポリマ－57,3662
非ポリマー9844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12080 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
2
C: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
D: NADPH-dependent nitro/flavin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2794
ポリマ－57,3662
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12140 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.550, 54.810, 90.500
Angle α, β, γ (deg.)87.68, 87.64, 65.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
NADPH-dependent nitro/flavin reductase / NADPH-dependent oxidoreductase / NADPH-dependent FMN reductase / NADPH-dependent nitroreductase


分子量: 28683.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: Bacillus CNCM I-1915 / 遺伝子: nfrA1, nfrA, ywcG, BSU38110, ipa-43d / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39605, EC: 1.5.1.29
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 4000, 200mM sodium acetate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 64071 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 8391 / Rsym value: 0.119 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9361 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 3246 5.07 %RANDOM
Rwork0.1727 ---
obs0.174 64071 --
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3541 Å2-0.0935 Å2-6.1003 Å2
2--3.5161 Å21.2554 Å2
3---0.8381 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.192 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7912 0 126 392 8430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0182102
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.03111292
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d29492
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes2832
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes12395
X-RAY DIFFRACTIONt_it821020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd35
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion160
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion10655
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact100394
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 201 4.74 %
Rwork0.176 4040 -
all0.1777 4241 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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