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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n2s | ||||||
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タイトル | Structure of NfrA1 nitroreductase from B. subtilis | ||||||
要素 | NADPH-dependent nitro/flavin reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alpga-beta-alpha sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Morera, S. / Gueguen-Chaignon, V. / Meyer, P. / Cortial, S. / Ouazzani, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010 タイトル: NADH oxidase activity of Bacillus subtilis nitroreductase NfrA1: insight into its biological role. 著者: Cortial, S. / Chaignon, P. / Iorga, B.I. / Aymerich, S. / Truan, G. / Gueguen-Chaignon, V. / Meyer, P. / Morera, S. / Ouazzani, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n2s.cif.gz | 210.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3n2s.ent.gz | 178.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3n2s_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3n2s_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3n2s_validation.xml.gz | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3n2s_validation.cif.gz | 56.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28683.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: Bacillus CNCM I-1915 / 遺伝子: nfrA1, nfrA, ywcG, BSU38110, ipa-43d / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39605, EC: 1.5.1.29 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: PEG 4000, 200mM sodium acetate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 64071 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 8391 / Rsym value: 0.119 / % possible all: 86.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9361 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.192 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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