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- PDB-3n2j: Azurin H117G, oxidized form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2j
タイトルAzurin H117G, oxidized form
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / copper proteins / electron transfer / pseudo-translation
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Hoffmann, M. / Alagaratnam, S. / Canters, G.W. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Probing the reactivity of different forms of azurin by flavin photoreduction.
著者: Alagaratnam, S. / Meeuwenoord, N.J. / Navarro, J.A. / Hervas, M. / De la Rosa, M.A. / Hoffmann, M. / Einsle, O. / Ubbink, M. / Canters, G.W.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
C: Azurin
D: Azurin
E: Azurin
F: Azurin
G: Azurin
H: Azurin
I: Azurin
J: Azurin
K: Azurin
L: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,09436
ポリマ－166,56812
非ポリマー1,52524
水28,3201572
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0083
ポリマ－13,8811
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.545, 170.008, 85.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Azurin


分子量: 13880.704 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 31 % PEG 2000 MME 0.1 M Tris/HCl pH 8.7 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→100 Å / Num. obs: 273202 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.79 % / Biso Wilson estimate: 20.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.35→1.45 Å / 冗長度: 2.26 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 26249 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AZU

4azu


解像度: 1.35→47.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9673 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9604 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 13389 5.03 %RANDOM
Rwork0.1724 ---
obs0.1739 266404 89.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.686 Å20 Å20.7042 Å2
2--2.3173 Å20 Å2
3----0.6313 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.166 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11616 0 24 1572 13212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01118202
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.34159482
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d41402
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes3482
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes16805
X-RAY DIFFRACTIONt_it1182020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd45
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion15605
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact154424
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1544 949 5.09 %
Rwork0.1341 17695 -
all0.1352 18644 -
obs--89.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40170.095-0.10140.2443-0.05970.3222-0.0067-0.0278-0.0120.0140.00090.0024-0.00910.01160.0057-0.01250.00080.0065-0.0097-0.0055-0.009524.99583.095532.5906
20.54410.0478-0.15630.2240.02590.3561-0.0238-0.027-0.0064-0.00690.0043-0.01290.0091-0.00080.0195-0.0107-0.00070.0055-0.01320.0129-0.012824.6128-52.748131.391
30.7064-0.0886-0.32470.30920.11150.4313-0.00940.0267-0.01350.0043-0.004-0.0028-0.0127-0.02340.0134-0.02440.0070.0075-0.00950.017-0.011522.9079-25.032552.753
40.4033-0.07530.07380.2089-0.08040.2863-0.01780.01790.0147-0.012-0.00170.00990.015700.0195-0.0190.00170.0035-0.0123-0.0078-0.00821.22091.165810.4331
51.641-0.35350.33910.2861-0.07810.6526-0.02840.0904-0.0882-0.02220.0007-0.02280.03870.07920.0277-0.03080.00320.0104-0.017-0.0011-0.013126.4412-24.32599.6934
60.46920.0175-0.28940.19230.03840.8020.02420.02880.0002-0.0074-0.01840.0282-0.0599-0.0907-0.0058-0.01560.01370.012-0.01470.0067-0.0071-2.41520.06953.4265
70.8681-0.0619-0.19210.3217-0.00370.6069-0.006-0.03160.0020.0107-0.0159-0.0451-0.01780.06210.0219-0.0218-0.00580.0055-0.01910.00680.00622.5927-27.883831.41
80.54420.1350.22280.16630.08840.359-0.0056-0.03950.01080.0133-0.0013-0.00180.005-0.020.0068-0.0181-0.00370.0049-0.00580.0038-0.0079-0.792629.319-9.7426
90.70330.14760.21880.46180.26130.8219-0.0008-0.05860.0210.0056-0.00130.01990.0246-0.04880.0022-0.033-0.00260.0159-0.01680.0071-0.01-1.0807-27.7218-10.9051
100.75920.07790.14380.16540.01730.4921-0.00320.0284-0.0186-0.011-0.0032-0.0262-0.00110.04360.0064-0.02550.00230.0022-0.0188-0.0008-0.003126.509532.149311.5471
110.42-0.05810.17490.28890.04850.66940.0188-0.02380.01110.0041-0.02850.01970.061-0.07640.0098-0.0145-0.0130.0045-0.01240.0026-0.002921.41384.1412-10.45
121.61660.2528-0.41120.2587-0.02940.6805-0.0577-0.08290.0710.02910.0097-0.0118-0.01690.08540.0481-0.0237-0.00090.0017-0.0047-0.0001-0.01012.805528.601633.3173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G1 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I1 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J1 - 131
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }K1 - 131
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }L1 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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