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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2i
タイトル2.25 Angstrom resolution crystal structure of a thymidylate kinase (tmk) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with thymidine
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Thymidylate Kinase / Vibrio cholerae / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / ATP-binding / Kinase / Nucleotide biosynthesis / Nucleotide-binding / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of a thymidylate kinase (tmk) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with thymidine
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4336
ポリマ－52,8782
非ポリマー5554
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.600, 92.600, 231.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 26438.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: tmk, VC_2016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus / 参照: UniProt: Q9KQI2, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7.0 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition is The PACT Suite (#34). Crystals grew from 1:1 v/v drop, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 24340 / Num. obs: 24340 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 40.13
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1176 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LV8

3lv8


解像度: 2.25→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.58 / SU ML: 0.148 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26109 1239 5.1 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
obs0.20846 23074 99.88 %-
all-23074 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.26 Å20 Å2
3----4.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3250 0 36 77 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.9864505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9835564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.4085414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62624.601163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.45915611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1961531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6311.52059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1651.5849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17323304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10231275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4494.51201
LS精密化 シェル解像度: 2.251→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 86 -
Rwork0.289 1653 -
obs-1653 99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61780.1441-0.62093.8357-0.24333.63380.1171-0.15-0.1006-0.4982-0.46950.08980.59260.8210.35240.30160.31050.0370.56660.08410.28933.8818-31.101911.444
22.0745-0.4966-0.46710.0285-4.39614.56220.33160.11970.0105-0.6068-0.33920.3495-0.00450.27930.00760.1170.1106-0.0060.4304-0.02530.181529.6579-17.921513.4129
30.4785-0.428-0.65393.7626-1.07583.38350.2536-0.16350.158-0.3122-0.517-0.4293-0.21141.00020.26340.18870.10120.09580.760.12460.344841.1947-18.386511.1713
42.9094-1.13913.91188.0127-3.72717.36790.2365-0.15280.0904-1.2589-0.5135-0.42350.44460.80370.2770.43680.22050.22250.89350.14990.392842.8875-19.24811.081
51.69131.028-3.88526.18032.272922.81330.0302-0.3944-0.1253-0.1131-0.4611-0.41950.32561.77650.43090.47830.70170.21721.15660.3250.559248.1873-38.11737.7076
61.6352-1.0076-0.39273.73410.20472.69180.19460.22810.0955-0.4211-0.43270.7602-0.7541-0.17220.23820.32740.1793-0.07310.2929-0.0730.415714.50387.968113.3865
71.3327-2.76770.58088.3256-0.77574.96750.09990.0319-0.1579-0.1805-0.44350.6361-0.0681-0.14560.34360.05050.08180.01540.2802-0.06950.223622.3636-7.472415.7082
81.7736-1.0388-0.314.7503-0.80892.85780.2142-0.06750.20680.1447-0.32250.251-0.64380.18880.10830.19680.01520.01810.2219-0.04450.239820.75373.381822.3112
97.0472.2454-0.10199.4736-1.01513.3641-0.1507-0.426-0.41760.2215-0.18470.6266-0.42920.10680.33540.25380.02610.14690.3211-0.09280.366115.8301-0.790729.3486
1010.09643.4944-3.282412.173-5.36877.14130.57130.19260.77740.8029-0.16341.2701-1.8023-0.6041-0.40790.78170.22880.13640.3767-0.20710.7211.365219.519624.0235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3A94 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4A145 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5A186 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 52
7X-RAY DIFFRACTION7B53 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8B87 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9B150 - 183
10X-RAY DIFFRACTION10B184 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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