PDB-3n2i: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of a thymidylate kinas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n2i

タイトル

2.25 Angstrom resolution crystal structure of a thymidylate kinase (tmk) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with thymidine

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Thymidylate Kinase / Vibrio cholerae / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / ATP-binding / Kinase / Nucleotide biosynthesis / Nucleotide-binding / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

dTMP kinase / dTMP kinase activity / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of a thymidylate kinase (tmk) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with thymidine
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n2i.cif.gz	181.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n2i.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lv8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jmf-d 5mqj-2 3lv8-1 4esh-2 3bkb-d 2w0s-2 3hp1-1 4gmd-2 3r20-3 4li8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90611

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.600, 92.600, 231.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 26438.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: tmk, VC_2016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus / 参照: UniProt: Q9KQI2, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7.0 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition is The PACT Suite (#34). Crystals grew from 1:1 v/v drop, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 24340 / Num. obs: 24340 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 40.13
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1176 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LV8

3lv8

解像度: 2.25→29.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 13.58 / SU ML: 0.148 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26109	1239	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2058	-	-	-
obs	0.20846	23074	99.88 %	-
all	-	23074	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3250	0	36	77	3363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.986	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3	5564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.408	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.626	24.601	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.459	15	611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.196	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.631	1.5	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.165	1.5	849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.173	2	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.102	3	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.449	4.5	1201

LS精密化シェル

解像度: 2.251→2.309 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	86	-
R_work	0.289	1653	-
obs	-	1653	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6178	0.1441	-0.6209	3.8357	-0.2433	3.6338	0.1171	-0.15	-0.1006	-0.4982	-0.4695	0.0898	0.5926	0.821	0.3524	0.3016	0.3105	0.037	0.5666	0.0841	0.289	33.8818	-31.1019	11.444
2	2.0745	-0.4966	-0.467	10.0285	-4.3961	4.5622	0.3316	0.1197	0.0105	-0.6068	-0.3392	0.3495	-0.0045	0.2793	0.0076	0.117	0.1106	-0.006	0.4304	-0.0253	0.1815	29.6579	-17.9215	13.4129
3	0.4785	-0.428	-0.6539	3.7626	-1.0758	3.3835	0.2536	-0.1635	0.158	-0.3122	-0.517	-0.4293	-0.2114	1.0002	0.2634	0.1887	0.1012	0.0958	0.76	0.1246	0.3448	41.1947	-18.3865	11.1713
4	2.9094	-1.1391	3.9118	8.0127	-3.7271	7.3679	0.2365	-0.1528	0.0904	-1.2589	-0.5135	-0.4235	0.4446	0.8037	0.277	0.4368	0.2205	0.2225	0.8935	0.1499	0.3928	42.8875	-19.2481	1.081
5	1.6913	1.028	-3.8852	6.1803	2.2729	22.8133	0.0302	-0.3944	-0.1253	-0.1131	-0.4611	-0.4195	0.3256	1.7765	0.4309	0.4783	0.7017	0.2172	1.1566	0.325	0.5592	48.1873	-38.1173	7.7076
6	1.6352	-1.0076	-0.3927	3.7341	0.2047	2.6918	0.1946	0.2281	0.0955	-0.4211	-0.4327	0.7602	-0.7541	-0.1722	0.2382	0.3274	0.1793	-0.0731	0.2929	-0.073	0.4157	14.5038	7.9681	13.3865
7	1.3327	-2.7677	0.5808	8.3256	-0.7757	4.9675	0.0999	0.0319	-0.1579	-0.1805	-0.4435	0.6361	-0.0681	-0.1456	0.3436	0.0505	0.0818	0.0154	0.2802	-0.0695	0.2236	22.3636	-7.4724	15.7082
8	1.7736	-1.0388	-0.31	4.7503	-0.8089	2.8578	0.2142	-0.0675	0.2068	0.1447	-0.3225	0.251	-0.6438	0.1888	0.1083	0.1968	0.0152	0.0181	0.2219	-0.0445	0.2398	20.7537	3.3818	22.3112
9	7.047	2.2454	-0.1019	9.4736	-1.0151	3.3641	-0.1507	-0.426	-0.4176	0.2215	-0.1847	0.6266	-0.4292	0.1068	0.3354	0.2538	0.0261	0.1469	0.3211	-0.0928	0.3661	15.8301	-0.7907	29.3486
10	10.0964	3.4944	-3.2824	12.173	-5.3687	7.1413	0.5713	0.1926	0.7774	0.8029	-0.1634	1.2701	-1.8023	-0.6041	-0.4079	0.7817	0.2288	0.1364	0.3767	-0.2071	0.72	11.3652	19.5196	24.0235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	186 - 208
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	53 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	87 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	150 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	184 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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