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万見
- PDB-3n2d: Crystal Structure of the Complex of type I Ribosome inactivating ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2d
タイトルCrystal Structure of the Complex of type I Ribosome inactivating protein with hexapeptide Ser-Asp-Asp-Asp-Met-Gly at 2.2 A resolution
要素
  • 6-meric peptide from 60S acidic ribosomal protein P2-beta
  • Ribosome inactivating protein
キーワードHYDROLASE / RIP / Hexapeptide / Plant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic translational elongation / fungal-type vacuole / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / molecular function inhibitor activity / protein kinase activator activity / defense response / toxin activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...cytoplasmic translational elongation / fungal-type vacuole / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / molecular function inhibitor activity / protein kinase activator activity / defense response / toxin activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / structural constituent of ribosome / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein P2 / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 ...Ribosomal protein P2 / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / 60s Acidic ribosomal protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA N-glycosylase / Large ribosomal subunit protein P2B
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica balsamina (植物)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Kushwaha, G.S. / Prem Kumar, R. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Complex of type I Ribosome inactivating protein with hexapeptide Ser-Asp-Asp-Asp-Met-Gly at 2.2 A resolution
著者: Kushwaha, G.S. / Prem Kumar, R. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome inactivating protein
B: 6-meric peptide from 60S acidic ribosomal protein P2-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1573
ポリマ－27,7322
非ポリマー4241
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.186, 131.186, 40.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Ribosome inactivating protein


分子量: 27093.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica balsamina (植物) / 参照: UniProt: D9J2T9*PLUS, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質・ペプチド 6-meric peptide from 60S acidic ribosomal protein P2-beta


分子量: 638.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02400
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED ON GENBANK WITH ACCESSION CODE, HM367595.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 14% PEG 6000, 0.1M Sodium Phosphate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5414 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月15日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→65.7 Å / Num. all: 12968 / Num. obs: 12968 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 42.124 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.315 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AHA

1aha


解像度: 2.22→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.207 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 627 4.9 %RANDOM
Rwork0.18292 ---
all0.18626 12968 --
obs0.18608 12264 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å2-0.7 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 28 189 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9852749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3675250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23324.13887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20915329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.321513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.51291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35122032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1483818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.374.5717
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.217→2.275 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 50 -
Rwork0.201 872 -
obs--96.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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