PDB-3n1w: Human FPPS COMPLEX WITH FBS_02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n1w

タイトル

Human FPPS COMPLEX WITH FBS_02

要素

FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / BISPHOSPHONATE / FRAGMENT-BASED SCREENING / TRANSFERASE / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Rondeau, J.-M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Allosteric non-bisphosphonate FPPS inhibitors identified by fragment-based discovery.
著者: Jahnke, W. / Rondeau, J.M. / Cotesta, S. / Marzinzik, A. / Pelle, X. / Geiser, M. / Strauss, A. / Gotte, M. / Bitsch, F. / Hemmig, R. / Henry, C. / Lehmann, S. / Glickman, J.F. / Roddy, T.P. ...

履歴

登録	2010年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n1w.cif.gz	85.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n1w.ent.gz	63.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n1w_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n1w_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	3n1w_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	3n1w_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/3n1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/3n1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n1vC 3n3lC 3n45C 3n46C 3n49C 3n5hC 3n5jC 3n6kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n49-1 5dgs-1 5dgn-1 5ksx-1 4xqs-1 6n7y-1 6oag-1 5diq-1 3n1v-1 5jv0-1 5juz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

ヘテロ分子

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

ヘテロ分子

F: FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.332, 111.332, 76.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	FARNESYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE 分子量: 40183.855 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 72-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 TUNER (DE3) 参照: UniProt: P14324, dimethylallyltranstransferase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-3N2 / (5-chloro-1-benzothiophen-3-yl)acetic acid / 5-クロロベンゾ[b]チオフェン-3-酢酸分子量: 226.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇ClO₂S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 1.2M sodium potassium phosphate, 25% glycerol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: MARCCD165 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月7日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.56→40 Å / Num. obs: 15908 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 54.408 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.97

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.56-2.64		0.337	0.348	6.1	10008	1375	1374	0.38	99.9
2.64-2.72		0.31	0.31	6.7	8826	1215	1212	0.33	99.8
2.72-2.81		0.263	0.268	7.4	8883	1223	1221	0.29	99.8
2.81-2.92		0.197	0.202	9.2	9355	1286	1283	0.22	99.8
2.92-3.03		0.175	0.173	10.4	7979	1102	1101	0.19	99.9
3.03-3.16		0.135	0.145	12	8164	1128	1127	0.16	99.9
3.16-3.3		0.1	0.106	15.2	7423	1030	1029	0.11	99.9
3.3-3.47		0.076	0.086	17.5	7468	1037	1036	0.09	99.9
3.47-3.67		0.058	0.068	21.5	6978	976	975	0.07	99.9
3.67-3.9		0.042	0.055	25.7	6431	901	901	0.06	100
3.9-4.19		0.033	0.046	29.1	6223	880	879	0.05	99.9
4.19-4.55		0.03	0.043	31.6	5574	800	800	0.05	100
4.55-5.02		0.024	0.039	34.7	5168	752	752	0.04	100
5.02-5.67		0.027	0.042	33.9	4496	663	663	0.05	100
5.67-6.67		0.024	0.041	33.6	3920	591	591	0.04	100
6.67-8.48		0.018	0.028	42.1	3137	501	500	0.03	99.8
8.48-13.3		0.014	0.026	47.7	1886	365	343	0.03	94
	13.3	0.014	0.021	40.4	492	147	120	0.02	81.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データスケーリング
APRV		位相決定
CNX		精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.56→39.36 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.763 / Data cutoff high absF: 2787454 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1603	10.1 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.213	15908	-	-
obs	0.213	15908	99.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 55.342 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.87 Å² / B_iso mean: 65.566 Å² / B_iso min: 21.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-20.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-20.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	40.54 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.44 Å	0.33 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.66 Å	0.55 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→39.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2774	0	19	56	2849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	18.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.74
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	3.27	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	5.04	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	4.8	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	6.75	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 32

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.56-2.59	0.377	43	0.388	450	493
2.59-2.62	0.444	60	0.373	420	480
2.62-2.65	0.392	53	0.386	442	495
2.65-2.68	0.44	45	0.363	427	472
2.68-2.71	0.382	58	0.337	447	505
2.71-2.74	0.441	44	0.324	430	474
2.74-2.78	0.404	48	0.302	438	486
2.78-2.82	0.306	55	0.317	449	504
2.82-2.86	0.408	48	0.276	426	474
2.86-2.9	0.317	44	0.285	440	484
2.9-2.95	0.279	49	0.262	449	498
2.95-2.99	0.317	39	0.262	447	486
2.99-3.05	0.336	39	0.241	453	492
3.05-3.1	0.299	54	0.269	439	493
3.1-3.16	0.412	52	0.259	440	492
3.16-3.23	0.347	49	0.246	439	488
3.23-3.3	0.271	40	0.227	459	499
3.3-3.37	0.325	60	0.221	439	499
3.37-3.46	0.282	49	0.228	437	486
3.46-3.55	0.257	50	0.215	438	488
3.55-3.65	0.263	48	0.214	457	505
3.65-3.77	0.31	43	0.212	445	488
3.77-3.91	0.241	51	0.17	449	500
3.91-4.06	0.21	66	0.156	442	508
4.06-4.25	0.23	56	0.175	444	500
4.25-4.47	0.138	51	0.126	459	510
4.47-4.75	0.193	45	0.139	456	501
4.75-5.12	0.245	55	0.155	463	518
5.12-5.63	0.225	53	0.163	459	512
5.63-6.45	0.239	38	0.21	476	514
6.45-8.12	0.283	53	0.185	480	533

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	FBS_02.PRM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)