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- PDB-3n1q: Crystal Structure of DhhN bound to CDOFn3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n1q
タイトルCrystal Structure of DhhN bound to CDOFn3
要素
  • Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
  • Desert hedgehog protein
キーワードPROTEIN BINDING / Binding Sites / Calcium / Cell Adhesion Molecules / Cell Cycle Proteins / Cell Line / Conserved Sequence / Fibronectins / Hedgehog Proteins / Immunoglobulin G / Membrane Glycoproteins / Membrane Proteins / Tertiary / Receptors / Cell Surface / Sequence Homology / Signal Transduction / Tumor Suppressor Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle satellite cell differentiation / embryonic body morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / regulation of steroid biosynthetic process / Ligand-receptor interactions / Transcriptional regulation of testis differentiation / Activation of SMO / patched binding ...skeletal muscle satellite cell differentiation / embryonic body morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / regulation of steroid biosynthetic process / Ligand-receptor interactions / Transcriptional regulation of testis differentiation / Activation of SMO / patched binding / positive regulation of skeletal muscle tissue development / Leydig cell differentiation / self proteolysis / male sex determination / Release of Hh-Np from the secreting cell / myoblast fusion / positive regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / lens development in camera-type eye / anterior/posterior pattern specification / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / Myogenesis / protein autoprocessing / spermatid development / neuroblast proliferation / myelination / positive regulation of neuron differentiation / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / neuron differentiation / cerebral cortex development / cell-cell adhesion / osteoblast differentiation / response to estrogen / cell-cell signaling / response to estradiol / nervous system development / peptidase activity / regulation of gene expression / positive regulation of MAPK cascade / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cell adhesion / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Desert hedgehog protein / Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Kavran, J.M. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: All mammalian Hedgehog proteins interact with cell adhesion molecule, down-regulated by oncogenes (CDO) and brother of CDO (BOC) in a conserved manner.
著者: Kavran, J.M. / Ward, M.D. / Oladosu, O.O. / Mulepati, S. / Leahy, D.J.
履歴
登録2010年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Desert hedgehog protein
C: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
A: Desert hedgehog protein
D: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
E: Desert hedgehog protein
F: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,82015
ポリマ－92,3836
非ポリマー4379
水181
1
B: Desert hedgehog protein
C: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9405
ポリマ－30,7942
非ポリマー1463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Desert hedgehog protein
D: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9405
ポリマ－30,7942
非ポリマー1463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Desert hedgehog protein
F: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9405
ポリマ－30,7942
非ポリマー1463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.715, 100.265, 97.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Desert hedgehog protein / DHH / HHG-3 / Desert hedgehog protein N-product / Desert hedgehog protein C-product


分子量: 19133.469 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43323
#2: タンパク質 Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes


分子量: 11660.819 Da / 分子数: 3 / 断片: Third FN3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDON, CDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KMG0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% peg3350, 200 mM Na(OAc), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.89→25 Å / Num. obs: 19402

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→22.726 Å / SU ML: 2.18 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 895 5.14 %
Rwork0.237 --
obs0.2396 17416 89.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.001 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.3481 Å2-0 Å2-5.1789 Å2
2---11.0669 Å20 Å2
3----10.9192 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→22.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5757 0 9 1 5767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5737974
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5672141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-3.07270.39581060.34571898X-RAY DIFFRACTION62
3.0727-3.30930.31241750.27692838X-RAY DIFFRACTION93
3.3093-3.64110.25791700.24083007X-RAY DIFFRACTION100
3.6411-4.16520.34021410.23212850X-RAY DIFFRACTION92
4.1652-5.23710.22481430.18642875X-RAY DIFFRACTION93
5.2371-22.72690.2121600.18233053X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.9498 Å / Origin y: 6.2391 Å / Origin z: -16.8735 Å
111213212223313233
T0.1474 Å20.0089 Å20.0075 Å2-0.1026 Å20.0042 Å2--0.1838 Å2
L0.3052 °20.0107 °2-0.0087 °2-0.1756 °20.1835 °2--0.7055 °2
S-0.0638 Å °0.0291 Å °0.0651 Å °0.0102 Å °0.0121 Å °0.0311 Å °-0.0562 Å °0.0719 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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