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- PDB-3n1h: Crystal Structure of StWhy2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n1h
タイトルCrystal Structure of StWhy2
要素StWhy2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / StWhy2 / Single-stranded DNA binding protein / Plant / Potato / Whirly
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / single-stranded DNA binding / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Whirly transcription factor / Whirly transcription factor / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Cappadocia, L. / Brisson, N. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of DNA-Whirly Complexes and Their Role in Arabidopsis Organelle Genome Repair.
著者: Cappadocia, L. / Marechal, A. / Parent, J.S. / Lepage, E. / Sygusch, J. / Brisson, N.
履歴
登録2010年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: StWhy2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1913
ポリマ－20,0011
非ポリマー1902
水1,24369
1
A: StWhy2
ヘテロ分子

A: StWhy2
ヘテロ分子

A: StWhy2
ヘテロ分子

A: StWhy2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,76312
ポリマ－80,0034
非ポリマー7608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation21_655z+1,y,-x1
crystal symmetry operation23_554-z,y,x-11
Buried area10470 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
2
A: StWhy2
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,57672
ポリマ－480,01724
非ポリマー4,55948
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_564x,-y+1,-z-11
crystal symmetry operation5_654z+1,x,y-11
crystal symmetry operation6_665z+1,-x+1,-y1
crystal symmetry operation7_564-z,-x+1,y-11
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_564y,z+1,x-11
crystal symmetry operation10_665-y+1,z+1,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_654-y+1,-z,x-11
crystal symmetry operation13_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation14_664-y+1,-x+1,-z-11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_565x,z+1,-y1
crystal symmetry operation18_664-x+1,z+1,y-11
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_554x,-z,y-11
crystal symmetry operation21_655z+1,y,-x1
crystal symmetry operation22_664z+1,-y+1,x-11
crystal symmetry operation23_554-z,y,x-11
crystal symmetry operation24_565-z,-y+1,-x1
Buried area90500 Å2
ΔGint-843 kcal/mol
Surface area160660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.576, 164.576, 164.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 StWhy2


分子量: 20000.715 Da / 分子数: 1 / 断片: Whirly domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 株: Kennebec / 遺伝子: StWhy2 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9J034*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21% PEG1000, 0.1M MOPS, 0.4M NH4H2PO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 10213 / Num. obs: 10208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 37.3 % / Biso Wilson estimate: 45.402 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 19.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 986 / Rsym value: 0.92 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
PHENIXモデル構築
CNS精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L3A

1l3a


解像度: 2.201→49.622 Å / SU ML: 1.74 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 532 5.39 %RANDOM
Rwork0.2032 ---
obs0.206 9872 96.7 %-
all-10208 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.228 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→49.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 10 69 1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4141766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.824471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2008-2.42230.33191100.23842148X-RAY DIFFRACTION91
2.4223-2.77280.27871290.22252283X-RAY DIFFRACTION96
2.7728-3.49330.28531210.20492359X-RAY DIFFRACTION99
3.4933-49.63410.22451720.18932550X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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