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万見
- PDB-3n0y: Adenylate cyclase class IV with active site ligand APC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0y
タイトルAdenylate cyclase class IV with active site ligand APC
要素Adenylate cyclase 2
キーワードLYASE / CYTH domain / antiparallel barrel / substrate analog complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase / lyase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyl cyclase CyaB / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / Adenylate cyclase 2 / Adenylate cyclase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Reddy, P.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Active-Site Structure of Class IV Adenylyl Cyclase and Transphyletic Mechanism.
著者: Gallagher, D.T. / Kim, S.K. / Robinson, H. / Reddy, P.T.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年3月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase 2
B: Adenylate cyclase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8296
ポリマ－40,7082
非ポリマー1,1204
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.349, 38.063, 81.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase 2 / Putative adenylate cyclase


分子量: 20354.143 Da / 分子数: 2 / 変異: D55K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: cyaB, y3011, YPO1178, YP_0959 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7CH76, UniProt: A0A5P8YEL9*PLUS, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 45 mg/mL ptn, 7% PEG 5K MME, 0.1M AmS, 0.1M MES, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日
放射モノクロメーター: coated mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 41204 / Num. obs: 41204 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.469 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.40.34626190.434161.1
1.76-1.835.10.28138550.496189.1
1.83-1.916.60.22442810.624199.1
1.91-2.027.20.1543230.8411100
2.02-2.147.30.11543451.1691100
2.14-2.317.30.08842821.3631100
2.31-2.547.30.0743501.4941100
2.54-2.917.30.05643551.8251100
2.91-3.667.10.04443742.4731100
3.66-306.80.04144202.739197.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.3 Å9.99 Å
Translation3.3 Å9.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FJT

2fjt


解像度: 1.7→16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.251 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / FOM work R set: 0.807 / SU B: 2.574 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / SU Rfree: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2085 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 ---
obs0.217 41159 94.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.39 Å2 / Biso mean: 30.364 Å2 / Biso min: 17.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å20.63 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.34 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.123 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2812 0 64 156 3032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9111.9793962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0195350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.13824.825143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2515514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1921515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21923
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4911.51803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20722808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42831260
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1234.51154
LS精密化 シェル解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 91 -
Rwork0.278 1707 -
all-1798 -
obs--56.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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