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万見
- PDB-3n0w: Crystal structure of a branched chain amino acid ABC transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0w
タイトルCrystal structure of a branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein (Bxe_C0949) from BURKHOLDERIA XENOVORANS LB400 at 1.88 A resolution
要素ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Receptor family ligand binding region / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Amino acid/amide ABC transporter substrate-binding protein, HAAT family
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein (Bxe_C0949) from BURKHOLDERIA XENOVORANS LB400 at 1.88 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein
B: ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0313
ポリマ－82,9732
非ポリマー591
水13,133729
1
A: ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5452
ポリマ－41,4861
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4861
ポリマ－41,4861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.545, 58.269, 145.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 26 - 399 / Label seq-ID: 6 - 379

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein


分子量: 41486.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_C0896, Bxe_C0949 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q13GG5
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 22-399 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.86
詳細: 14.0000% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.0100M nickel (II) chloride, 0.1M TRIS pH 8.86, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97915,0.97898
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月24日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979151
30.978981
反射解像度: 1.88→29.134 Å / Num. obs: 62570 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.278 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.93
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.9-1.970.5581.411456766457.3
1.97-2.050.4231.7182961252696.8
2.05-2.140.2882.4177181211497.4
2.14-2.250.2263.1179451224997.4
2.25-2.390.1793.9183071246097.1
2.39-2.580.1315.2191071290497.1
2.58-2.840.0936.9183891245296.3
2.84-3.250.069.9182141222895.5
3.25-4.080.0414.5176831189693.2
4.08-29.1340.0318.9180701199292.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.88→29.134 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 7.021 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.151
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. A NICKEL ION FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION IS MODELED IN THE STRUCTURE. THE PRESENCE OF NICKEL (NI) AT THIS SITE IS SUPPORTED BY BINDING GEOMETRY, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS, ELECTRON DENSITY PEAK HEIGHT AND X-RAY FLUORESCENCE. 5. THERE IS SOME UNMODELED ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUE 129 IN EACH SUBSUNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3167 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 62555 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.78 Å2 / Biso mean: 28.782 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å20.19 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→29.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5637 0 1 729 6367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9548176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44339835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09524.606254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2561532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7491.53865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1641.51608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29126186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19432153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.344.51990
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4572 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.290.5
MEDIUM THERMAL0.672
LS精密化 シェル解像度: 1.881→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 149 -
Rwork0.297 2537 -
all-2686 -
obs--56.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74410.239-0.15560.8084-0.06180.72610.004200.0561-0.0424-0.0080.0171-0.03220.00930.00380.00910.009-0.00750.1084-0.00610.0945-9.09626.604129.763
20.7802-0.2920.61541.11-0.56532.06550.1130.0726-0.0821-0.2533-0.0422-0.02880.21090.1963-0.07090.25860.030.020.162-0.02440.1191-2.50225.55189.408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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