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- PDB-3n0l: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Campylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0l
タイトルCrystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Campylobacter jejuni
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Campylobacter / alpha beta class / 3-layer(aba) sandwich / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Campylobacter jejuni
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,87617
ポリマ－93,4352
非ポリマー1,44115
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.558, 108.319, 126.072
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase / Serine methylase / SHMT


分子量: 46717.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: glyA, Cj0402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: P24531, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 1500, 200mM NH4 Sulfate, 100mM Bis-Tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 75163 / Num. obs: 74111 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6547 / Χ2: 0.98 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→31.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.883 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.44 / σ(I): 2.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 3739 5.05 %random
Rwork0.16 ---
obs0.162 74028 98.32 %-
all-75293 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.77 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.37 Å2 / Biso mean: 29.072 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.296 Å20 Å20 Å2
2--3.612 Å2-0 Å2
3---2.683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6245 0 75 497 6817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.068809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1452461
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.8620.2853160.2560166332601685
1.862-1.9370.2473920.19769297321692998
1.937-2.0250.2223380.172707974177079100
2.025-2.1320.2183890.156705574447055100
2.132-2.2650.1883760.144710174777101100
2.265-2.440.1894220.153708375057083100
2.44-2.6860.2033820.154712275047122100
2.686-3.0740.1713770.148718775647187100
3.074-3.8720.1823690.142722575947225100
3.872-31.3350.193780.163749278707492100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71080.2549-0.31480.3087-0.17660.175-0.10310.068-0.1805-0.0778-0.0056-0.09490.08410.02020.06930.1617-0.00530.0070.1547-0.05910.16875.0396-30.5358-43.6866
20.81010.79530.00671.24910.2710.49050.1594-0.1261-0.08510.1549-0.1391-0.01610.0902-0.0116-0.00970.10060.00080.00440.16840.01970.150917.7313-19.7276-24.0932
31.42260.7374-0.15340.7197-0.05940.7220.0391-0.04380.09040.0548-0.0304-0.042-0.06730.0288-0.0080.07990.02090.00450.1177-0.00120.152224.8097-12.252-32.4306
41.20150.0912-0.16091.3054-0.00770.97790.00120.2712-0.0442-0.3032-0.08540.0082-0.0207-0.00920.05230.1850.03290.0160.2026-0.08480.130719.3152-16.9402-57.9656
51.15340.1955-0.68040.08240.04880.9477-0.0504-0.0202-0.3262-0.0531-0.0112-0.15560.2004-0.01360.05310.1568-0.0001-0.00130.08530.00240.23326.2073-36.7866-29.885
60.3945-0.0269-0.20790.91120.17050.29680.0270.02620.0591-0.11280.003-0.0924-0.08290.1146-0.03490.111-0.011-0.00580.142-0.0250.138-2.9784-13.3513-34.0682
71.1809-0.08-0.21111.0789-0.22120.88270.0149-0.13970.1190.11020.00360.0005-0.1057-0.0213-0.00770.0867-0.0054-0.01670.0956-0.03770.0865-8.8011-13.1058-22.1836
81.26040.60470.17071.8975-0.40580.76940.1182-0.3295-0.29150.4156-0.1478-0.1760.0062-0.0861-0.03020.1937-0.0623-0.05820.1710.0940.1594-6.357-35.9463-8.8269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:50)A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 51:133)A51 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 134:276)A134 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 277:414)A277 - 414
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:51)B1 - 51
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 52:133)B52 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 134:276)B134 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 277:414)B277 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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