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- PDB-3mzs: Crystal Structure of Cytochrome P450 CYP11A1 in complex with 22-h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mzs
タイトルCrystal Structure of Cytochrome P450 CYP11A1 in complex with 22-hydroxy-cholesterol
要素Cholesterol side-chain cleavage enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP11A1 / CYTOCHROME P450 / MONOOXYGENASE / SIDE CHAIN CLEAVAGE ENZYME / CHOLESTEROL / Cholesterol 20-22-desmolase / STEROID METABOLISM / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol monooxygenase (side-chain-cleaving) / cholesterol monooxygenase (side-chain-cleaving) activity / cortisol metabolic process / glucocorticoid biosynthetic process / vitamin D metabolic process / C21-steroid hormone biosynthetic process / cellular response to peptide hormone stimulus / cholesterol metabolic process / mitochondrial inner membrane / iron ion binding ...cholesterol monooxygenase (side-chain-cleaving) / cholesterol monooxygenase (side-chain-cleaving) activity / cortisol metabolic process / glucocorticoid biosynthetic process / vitamin D metabolic process / C21-steroid hormone biosynthetic process / cellular response to peptide hormone stimulus / cholesterol metabolic process / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3alpha,8alpha,22R)-cholest-5-ene-3,22-diol / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ISOPROPYL ALCOHOL / Cholesterol side-chain cleavage enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stout, C.D. / Annalora, A. / Mast, N. / Pikuleva, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Three-step Sequential Catalysis by the Cholesterol Side Chain Cleavage Enzyme CYP11A1.
著者: Mast, N. / Annalora, A.J. / Lodowski, D.T. / Palczewski, K. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A.
履歴
登録2010年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
B: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
C: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
D: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,78416
ポリマ－228,4674
非ポリマー4,31712
水1,65792
1
A: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1964
ポリマ－57,1171
非ポリマー1,0793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1964
ポリマ－57,1171
非ポリマー1,0793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1964
ポリマ－57,1171
非ポリマー1,0793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cholesterol side-chain cleavage enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1964
ポリマ－57,1171
非ポリマー1,0793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.450, 94.630, 113.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: IPA / End label comp-ID: IPA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 6 - 502 / Label seq-ID: 6

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BB - J
21AA - G
12CC - M
22AA - G
13DD - P
23AA - G

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
Cholesterol side-chain cleavage enzyme / Cytochrome P450 11A1 / CYPXIA1 / Cytochrome P450(scc) / Cholesterol desmolase


分子量: 57116.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CYP11A1 / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00189, cholesterol monooxygenase (side-chain-cleaving)
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-HC9 / (3alpha,8alpha,22R)-cholest-5-ene-3,22-diol / 22R-ヒドロキシコレステロ-ル


分子量: 402.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O2
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 1000, 10% Jeffamine ED-2001, 20% glycerol, 0.1 M MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.546
11-h,-k,l20.454
反射解像度: 2.5→113.5 Å / Num. all: 76291 / Num. obs: 76291 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 74.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 11367 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 97.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3K9V

3k9v


解像度: 2.5→60.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.321 / WRfactor Rwork: 0.305 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.603 / SU B: 16.405 / SU ML: 0.338 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / SU Rfree: 0.072 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Non-crystallographic symmetry: the crystal is pseudo-orthorhombic (P212121) with true symmetry P21 with 4 molecules in the asymmetric unit. The crystal exhibits partial merohedral twinning ...詳細: Non-crystallographic symmetry: the crystal is pseudo-orthorhombic (P212121) with true symmetry P21 with 4 molecules in the asymmetric unit. The crystal exhibits partial merohedral twinning with twin law h,k,l; -h,-k,l and twin fractions 0.546, 0.453. RAMACHANDRAN OUTLIERS: BASED ON REFERENCE LOVELL, DAVIS, ET AL., PROTEINS 50: 437-450 (2003) AND CALCULATION BY MOLPROBITY, THERE ARE 41 RAMACHANDRAN OUTLIERS; 97.8% RESIDUES ARE IN ALLOWED REGIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 3812 5 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.266 72447 94.9 %-
all-76259 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.19 Å2 / Biso mean: 65.893 Å2 / Biso min: 18.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--66.06 Å20 Å2-11.86 Å2
2--9.17 Å20 Å2
3---56.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→60.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15616 0 304 92 16012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02118268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.9528000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7117.53752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.7323.265784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.5152852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.32715116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.22364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02120204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.981.59416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.788215332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51136976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9534.56928
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 3980 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1BLOOSE POSITIONAL0.495
1BLOOSE THERMAL2.6810
2CLOOSE POSITIONAL0.475
2CLOOSE THERMAL2.2110
3DLOOSE POSITIONAL0.485
3DLOOSE THERMAL2.7310
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 334 -
Rwork0.423 5446 -
all-5780 -
obs-5446 97.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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