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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mz5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS L103A at cryogenic temperature | ||||||
![]() | Thermonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / cavity / pressure | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caro, J.A. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno, E.B. / Heroux, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cavities determine the pressure unfolding of proteins. 著者: Roche, J. / Caro, J.A. / Norberto, D.R. / Barthe, P. / Roumestand, C. / Schlessman, J.L. / Garcia, A.E. / Garcia-Moreno E, B. / Royer, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 803.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 803.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mehC ![]() 3mhbC ![]() 3mvvC ![]() 3mxpC ![]() 3nk9C ![]() 3np8C ![]() 3nqtC ![]() 3nxwC ![]() 3osoC ![]() 3pmfC ![]() 3r3oC ![]() 3bdcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16101.383 Da / 分子数: 1 / 断片: Deletion UNP residues 126-131 / 変異: G50F,V51N,L103A,P117G,H124L,S128A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-THP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, Calcium Chloride, pdTp, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 18916 / Num. obs: 18916 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.501 / Net I/σ(I): 18.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 36.59 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BDC with all H2Os, Ca2+ and THP removed and the following truncations: H8A, T13A, Q30A, K64A, T82A, L103A, Y113A, V114A, Y115A; all b-factors were reset to 20. 解像度: 1.58→30.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.832 / SU B: 1.823 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / SU Rfree: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.13 Å2 / Biso mean: 23.439 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→30.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
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