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- PDB-3myd: Structure of the Cytoplasmic domain of FlhA from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3myd
タイトルStructure of the Cytoplasmic domain of FlhA from Helicobacter pylori
要素Flagellar biosynthesis protein flhA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / FlhA / flagellar export / Type III secretion / cytoplasmic fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar biosynthesis protein FlhA / FHIPEP family, domain 1 / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / Glutaredoxin ...Flagellar biosynthesis protein FlhA / FHIPEP family, domain 1 / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthesis protein FlhA / Flagellar biosynthesis protein FlhA
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Moore, S.A. / Jia, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of the cytoplasmic domain of the flagellar secretion apparatus component FlhA from Helicobacter pylori.
著者: Moore, S.A. / Jia, Y.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthesis protein flhA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9721
ポリマ－40,9721
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.193, 136.200, 107.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthesis protein flhA


分子量: 40972.363 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic Fragment, residues 373-732 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: CCUG 17874 / 遺伝子: flbA, flhA, HP1041, jhp_0383 / プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9ZM40, UniProt: O06758*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: precipitant: 15% MME-PEG 5K, 100 mM Na Cacodylate pH 6.2-6.7, 0.2 M Ammonium Sulfate, 6-8% v/v isopropanol,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934, 0.97882, 0.97907, 0.98166
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicon 111 crystal monochromator and sagittally focusing mirrors
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.978821
30.979071
40.981661
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 20405 / Num. obs: 20380 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.612 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2647 1037 5.1 %RANDOM
Rwork0.22356 ---
obs0.22557 19217 100 %-
all-20405 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.098 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 0 65 2757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222729
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.9923696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6075347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14225.586111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90815514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6341513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7141.51735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35122809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1113994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3243.5887
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 82 -
Rwork0.266 1390 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04021.5113-1.76362.6179-0.65532.87650.3517-0.06760.75030.04810.04070.2792-0.4783-0.1906-0.39240.21710.05170.07790.0604-0.00890.315634.211755.614356.3119
21.68150.1485-0.31822.1881-2.4444.14710.1831-0.21790.1868-0.1474-0.219-0.07450.12630.33880.03590.0447-0.01040.03130.069-0.03990.053440.20740.536661.1064
32.99580.41650.6784.877-1.54452.9835-0.04890.28160.8177-0.05320.03410.134-0.66250.22530.01480.2116-0.03090.04310.09340.05760.255358.203757.757838.1084
43.160.38470.33831.82340.47395.47870.10050.2242-0.19180.0558-0.00970.32670.1809-0.3515-0.09080.0109-0.0033-0.00120.0429-0.00930.085652.458934.340638.4393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A394 - 470
2X-RAY DIFFRACTION2A471 - 540
3X-RAY DIFFRACTION3A541 - 626
4X-RAY DIFFRACTION4A627 - 732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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