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万見
- PDB-3mwv: Crystal structure of HCV NS5B polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mwv
タイトルCrystal structure of HCV NS5B polymerase
要素Genome polyprotein
キーワードTRANSFERASE / HCV virus RdRp NS5B polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Coulombe, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Importance of ligand bioactive conformation in the discovery of potent indole-diamide inhibitors of the hepatitis C virus NS5B.
著者: LaPlante, S.R. / Gillard, J.R. / Jakalian, A. / Aubry, N. / Coulombe, R. / Brochu, C. / Tsantrizos, Y.S. / Poirier, M. / Kukolj, G. / Beaulieu, P.L.
履歴
登録2010年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5712
ポリマ－128,5712
非ポリマー00
水4,594255
1
A: Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2861
ポリマ－64,2861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2861
ポリマ－64,2861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.270, 108.330, 133.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細There are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A & B)

-
要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein / Core protein p21 / Capsid protein C / p21 / Core protein p19 / Envelope glycoprotein E1 / gp32 / ...Core protein p21 / Capsid protein C / p21 / Core protein p19 / Envelope glycoprotein E1 / gp32 / gp35 / Envelope glycoprotein E2 / NS1 / gp68 / gp70 / p7 / Protease NS2-3 / p23 / Serine protease/NTPase/helicase NS3 / Hepacivirin / NS3P / p70 / Non-structural protein 4A / NS4A / p8 / Non-structural protein 4B / NS4B / p27 / Non-structural protein 5A / NS5A / p56 / RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 64285.637 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2420 to 2989 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: delta 21 aa at Cterm + 6His tag / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: HC-J4 / 遺伝子: NS5B / プラスミド: PET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: O92972, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 100mM MES, 21% PEG5Kmme, 400mM AS, 10% glycerol, pH 5.4, vapor diffusion, temperature 284K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 76274 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.57 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.83 / Num. unique all: 6128 / Χ2: 1.079 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C2P

1c2p


解像度: 2.2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.835 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 7690 9.8 %
Rwork0.219 --
obs-76189 96.8 %
原子変位パラメータBiso max: 85.43 Å2 / Biso mean: 30.497 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.71 Å20 Å20 Å2
2--5.675 Å20 Å2
3---4.034 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8704 0 0 255 8959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0952
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0072.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005534
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.374
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.210.2921010.25810421143
2.21-2.230.3051220.27910581180
2.23-2.250.3131160.25910961212
2.25-2.260.2441300.23811601290
2.26-2.280.2751360.24311591295
2.28-2.30.2941330.25212131346
2.3-2.310.3121320.25312141346
2.31-2.330.2891210.25812811402
2.33-2.350.2891390.23713221461
2.35-2.370.2721410.24113371478
2.37-2.390.2681490.23313191468
2.39-2.410.2671530.22514211574
2.41-2.430.2371500.22613991549
2.43-2.450.281740.23213921566
2.45-2.480.2651520.22214061558
2.48-2.50.2871360.22714091545
2.5-2.530.2771610.23614111572
2.53-2.550.2781650.21613791544
2.55-2.580.2721540.2414141568
2.58-2.610.2911670.24213841551
2.61-2.640.3121560.24413981554
2.64-2.670.3241450.24814281573
2.67-2.70.2771730.2313891562
2.7-2.740.2731450.24314181563
2.74-2.770.2541650.22514061571
2.77-2.810.2511720.23214061578
2.81-2.850.2481790.22713821561
2.85-2.890.3031470.23814101557
2.89-2.940.2811660.24813971563
2.94-2.990.2481600.23114031563
2.99-3.040.3041570.25414301587
3.04-3.090.2911570.25214061563
3.09-3.150.3011510.24814021553
3.15-3.220.2391520.23314371589
3.22-3.290.2541750.22713891564
3.29-3.360.2491510.23714311582
3.36-3.450.2741910.23813861577
3.45-3.540.251630.22114131576
3.54-3.640.221710.22114031574
3.64-3.760.2141490.21614181567
3.76-3.90.221710.19814361607
3.9-4.050.2011650.18714171582
4.05-4.240.2341450.18214431588
4.24-4.460.1921530.17214471600
4.46-4.740.2081730.16414231596
4.74-5.10.2021610.18214421603
5.1-5.620.2511800.22114431623
5.62-6.430.2371510.24214571608
6.43-8.090.231770.21214821659
8.09-500.1821570.17515411698
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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