PDB-3mwo: Human carbonic anhydrase II in a doubled monoclinic cell: a re-de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwo

タイトル

Human carbonic anhydrase II in a doubled monoclinic cell: a re-determination

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / DOUBLED UNIT CELL / pseudosymmetry / Translational NCS

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Robbins, A.H. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Emerging from pseudo-symmetry: the redetermination of human carbonic anhydrase II in monoclinic P2(1) with a doubled a axis.
著者: Robbins, A.H. / Domsic, J.F. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年6月9日	ID: 3KS1
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2016年4月20日	Group: Refinement description
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwo.cif.gz	317.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwo.ent.gz	260.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mwo_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mwo_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	3mwo_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	3mwo_validation.cif.gz	43.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ks1 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s75-d 1bnq-d 3ffp-d 6xwz-d 6gxe-d 3k7k-d 3rz8-d 7jnr-d 3m5s-d 5fl6-1 4r5b-d 4q8z-d 2hkk-d 4mty-d 4knj-d 1cil-d 3hlj-d 1ydd-d 2q38-d 3eft-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.981, 41.057, 73.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonic anhydrase II / CA-II / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2, HCA2 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THAT REPORTED FOR THE HUMAN CARBONIC ANHYDRASE ISOFORM II, PDB CODE 1CA2.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM Tris, 1.2 M sodium citrate, 5 ul + 5 ul droplet, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9782 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 90618 / Num. obs: 90618 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 8883 / R_sym value: 0.194 / Χ²: 1.081 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.1_348	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

開始モデル: 3KS1

3ks1
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.4→18.279 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.6 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 3KS1, chain B (altloc B removed), model translated x'=x-1/4 and re-refined

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	4581	5.08 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
all	0.167	90110	-	-
obs	0.167	90110	96.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.7 Å² / k_sol: 0.475 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.97 Å² / B_iso mean: 16.011 Å² / B_iso min: 3.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.507 Å²	-0 Å²	-0.002 Å²
2-	-	-0.477 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.279 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4098	0	2	745	4845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4343
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.257	5925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	622
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	771
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.98	1623

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.416	0.243	151	0.198	2710	2861	92
1.416-1.433	0.216	150	0.191	2800	2950	96
1.433-1.45	0.189	140	0.184	2826	2966	95
1.45-1.468	0.212	146	0.183	2821	2967	96
1.468-1.488	0.196	177	0.175	2773	2950	96
1.488-1.508	0.198	149	0.175	2837	2986	96
1.508-1.53	0.204	164	0.184	2835	2999	96
1.53-1.552	0.21	150	0.17	2811	2961	96
1.552-1.577	0.205	145	0.164	2850	2995	96
1.577-1.602	0.184	145	0.159	2830	2975	97
1.602-1.63	0.187	152	0.162	2877	3029	97
1.63-1.66	0.202	121	0.162	2859	2980	97
1.66-1.692	0.222	164	0.163	2836	3000	97
1.692-1.726	0.178	155	0.158	2899	3054	97
1.726-1.764	0.173	147	0.156	2846	2993	97
1.764-1.805	0.215	153	0.157	2858	3011	97
1.805-1.85	0.172	171	0.155	2839	3010	97
1.85-1.9	0.153	161	0.156	2897	3058	97
1.9-1.956	0.165	148	0.151	2905	3053	97
1.956-2.019	0.178	152	0.154	2862	3014	98
2.019-2.091	0.156	164	0.149	2886	3050	98
2.091-2.174	0.175	144	0.147	2924	3068	97
2.174-2.273	0.189	147	0.15	2899	3046	97
2.273-2.392	0.172	152	0.146	2910	3062	98
2.392-2.542	0.172	156	0.159	2910	3066	98
2.542-2.738	0.185	170	0.164	2911	3081	98
2.738-3.012	0.178	172	0.164	2883	3055	98
3.012-3.445	0.176	133	0.16	2959	3092	98
3.445-4.331	0.173	161	0.155	2845	3006	95
4.331-18.281	0.174	141	0.219	2631	2772	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5207	-0.0162	0.0012	0.4946	-0.128	0.6131	-0.012	-0.0325	-0.0102	-0.0779	0.0104	0.0182	0.0395	-0.0124	0.0027	0.039	-0.0045	0.0005	0.0319	0.0004	0.0325	9.495	1.385	15.831
2	0.6026	-0.083	-0.0696	0.4635	0.0093	0.4402	-0.0117	-0.0481	0.0032	-0.001	0.0199	-0.0227	0.0132	-0.0053	-0.0086	0.0356	-0.0007	-0.0033	0.0355	-0.0041	0.0427	51.629	1.395	15.713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 263:781 ) OR ( CHAIN B AND RESID 126:780 )	A	263 - 781
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 263:781 ) OR ( CHAIN B AND RESID 126:780 )	B	126 - 780
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 4:125 )	B	4 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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