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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mwf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus aureus SirA complexed with staphyloferrin B | ||||||
要素 | Iron-regulated ABC transporter siderophore-binding protein SirA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Staphylococcus aureus SirA specificity for staphyloferrin B is driven by localized conformational change 著者: Grigg, J.C. / Cheung, J. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mwf.cif.gz | 78.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mwf.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mwf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mwf_validation.pdf.gz | 817.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mwf_full_validation.pdf.gz | 820.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mwf_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mwf_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33333.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: SA0111, sirA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A869, UniProt: A0A0H3JJC6*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-SE8 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1M Hepes, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月8日 詳細: Sample to detector distance: 100 to 650 mm; Maximum vertical offset: 200mm |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 32691 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2967 / Χ2: 1.034 / % possible all: 89.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→32.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.841 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.44 Å2 / Biso mean: 20.23 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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