Crystal structure of probable o-succinylbenzoic acid synthetase from kosmotoga olearia
要素
Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
キーワード
LIGASE / ENOLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報
o-succinylbenzoate synthase / O-succinylbenzoate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.77→40 Å / Num. obs: 38997 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 29.624 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル
解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 98.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
RESOLVE
モデル構築
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
RESOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.316 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.26213
1102
3.1 %
RANDOM
Rwork
0.20861
-
-
-
obs
0.21033
34106
95.36 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK