PDB-3mwb: The Crystal Structure of Prephenate dehydratase in complex with L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwb

タイトル

The Crystal Structure of Prephenate dehydratase in complex with L-Phe from Arthrobacter aurescens to 2.0A

要素

Prephenate dehydratase

キーワード

LYASE / L-Phe / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Prephenate dehydratase in complex with L-Phe from Arthrobacter aurescens to 2.0A
著者: Stein, A.J. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwb.cif.gz	252.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwb.ent.gz	206.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3mwb_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mwb_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	3mwb_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	3mwb_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6g3j-d 5n6b-d 4xhc-d 6r1j-1 4ks0-d 2i6e-2 2ejw-d 4p2r-1 6cvn-d 7kid-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC37921

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (3) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (3)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (3)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prephenate dehydratase

B: Prephenate dehydratase

ヘテロ分子

66.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prephenate dehydratase

B: Prephenate dehydratase

ヘテロ分子

A: Prephenate dehydratase

B: Prephenate dehydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.120, 107.155, 137.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	Prephenate dehydratase 分子量: 33234.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア) 株: TC1 / 遺伝子: pheA, AAur_0101 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1R118, prephenate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 1.936 / Net I/av σ(I): 24.151 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 252235

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	6.1	0.617	4153	1.115	1	100
2.07-2.15	6.1	0.46	4165	1.156	1	100
2.15-2.25	5.7	0.41	4184	2.465	1	99.9
2.25-2.37	5.9	0.334	4193	1.607	1	100
2.37-2.52	6.1	0.196	4207	1.243	1	99.9
2.52-2.71	6.1	0.154	4195	1.36	1	100
2.71-2.99	6.1	0.111	4225	1.554	1	100
2.99-3.42	6	0.085	4244	2.232	1	100
3.42-4.31	5.8	0.072	4263	3.085	1	99.9
4.31-50	5.7	0.064	4421	3.643	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2→42.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 10.674 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	2115	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.212	41788	98.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.473 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4442	0	25	301	4768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.201	1.96	6383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.604	5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.488	23.511	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.165	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.504	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.796	2	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.516	3	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.306	4.5	1420

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	131	-
R_work	0.238	2777	-
all	-	2908	-
obs	-	-	94.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6819	2.1353	-1.4015	3.9776	0.4043	4.9887	-0.1894	0.1022	0.2003	-0.2635	-0.0096	0.4906	0.213	-0.3538	0.1989	0.1272	-0.02	-0.0502	0.2211	-0.0203	0.1499	27.0511	21.4412	38.9021
2	5.3992	-0.2687	-2.023	0.7868	-2.1288	7.2766	-0.0654	0.4876	-0.49	-0.3727	0.3447	0.2576	1.0125	-1.3328	-0.2793	0.3986	0.0588	-0.2446	0.4904	-0.2008	0.5647	20.3066	25.2352	36.3532
3	9.6978	1.5128	12.9948	3.597	0.3187	19.1011	-0.1624	-0.1397	-0.3511	-0.1999	0.1695	0.0959	0.0819	-0.0202	-0.0071	0.1539	0.0552	0.1357	0.1724	0.1183	0.4008	31.8263	20.7889	37.0216
4	6.5123	1.4984	-2.0439	8.6877	-4.1954	12.3548	-0.0538	0.2782	-0.3238	-0.3011	-0.1531	-0.2615	0.3926	0.2088	0.2069	0.1064	0.0269	0.0028	0.0855	-0.041	0.0368	35.4626	28.981	37.5601
5	6.0575	3.4882	-0.6142	6.694	0.2302	0.1446	0.1389	-0.5114	-0.0354	0.4532	-0.131	0.0579	0.0059	0.0487	-0.0079	0.136	0.0293	0.0435	0.1887	0.0098	0.0851	31.6256	27.2017	51.0458
6	11.1922	-0.5658	-2.2801	2.6748	-0.6707	5.213	0.283	0.5521	-0.1133	-0.1383	-0.2088	0.0154	-0.0445	0.1762	-0.0742	0.1259	-0.0014	-0.0018	0.1097	-0.0377	0.0161	31.4216	36.7164	42.2588
7	4.4132	0.9821	-0.7028	3.5606	-0.8202	1.4757	-0.0983	0.069	-0.5726	-0.089	0.0452	0.229	0.2796	-0.0931	0.0531	0.1409	-0.0101	0.0322	0.177	0.0212	0.2447	18.4363	7.5729	51.3006
8	18.9897	11.427	-5.5122	6.902	-3.2813	1.6614	0.3398	-0.6285	-0.3762	0.2731	-0.3534	-0.2657	-0.0464	0.2514	0.0136	0.2504	-0.0128	-0.0356	0.2958	0.0276	0.2327	19.9143	11.4998	60.0729
9	0.6713	-0.8763	-0.45	2.02	1.009	0.5059	-0.1254	-0.1682	-0.4911	0.3489	0.0024	0.1109	0.1805	-0.0301	0.1231	0.1646	-0.0178	0.063	0.3376	0.2361	0.6909	23.283	5.9198	55.7029
10	4.9682	-1.6834	0.2849	3.8087	-0.208	6.6851	-0.0163	0.7859	-0.6177	-0.7662	-0.2148	-0.2339	0.292	0.0799	0.2311	0.2798	-0.038	0.0543	0.2326	-0.0579	0.365	20.4369	5.4152	44.6768
11	2.0851	1.8198	0.4756	2.2891	-0.3872	1.134	0.2689	-0.2303	0.0554	0.3996	-0.1769	0.2392	-0.1468	-0.1577	-0.092	0.1128	0.023	0.0651	0.1276	-0.0521	0.1953	20.4586	25.4874	51.0064
12	1.0473	-0.6447	-0.6797	1.3727	-0.5892	2.1754	-0.0624	0.1626	0.0731	-0.0145	-0.1089	-0.114	-0.1277	0.102	0.1713	0.1127	-0.0653	-0.0281	0.1106	0.0118	0.1304	32.6574	44.4157	50.0044
13	30.1987	-10.5643	2.3347	24.9314	-1.2584	5.7381	0.2726	-0.7535	-0.4009	1.0694	-0.105	0.1502	-0.345	0.1593	-0.1676	0.1103	-0.0284	-0.0246	0.1036	-0.0096	0.1306	35.3993	48.3368	62.2921
14	1.5155	0.1727	0.1655	10.8158	0.3986	1.7792	-0.0842	0.0245	-0.0262	0.0327	0.1188	0.0193	-0.1016	0.0154	-0.0347	0.068	-0.03	0.0039	0.095	-0.0258	0.0091	28.0008	47.1792	57.624
15	8.3014	-0.9264	-4.9988	11.4731	-3.848	11.9855	-0.3254	0.0543	-1.0045	-0.2197	-0.1205	-0.9878	0.2011	0.8446	0.4459	0.1864	0.0369	0.0399	0.1771	-0.0666	0.2811	41.6029	35.1922	58.897
16	1.0986	-1.2764	0.6859	2.9327	-0.7774	1.6395	-0.0128	0.2123	-0.0337	-0.0336	-0.0386	0.0347	0.0159	0.0554	0.0514	0.0611	-0.0077	0.0103	0.0977	-0.0309	0.0242	28.6657	46.5754	51.2483
17	4.1611	2.4471	1.6065	3.9018	1.1986	2.4304	0.0273	0.1061	-0.0947	0.0904	0.0518	-0.2073	-0.0099	0.2281	-0.0792	0.0814	0.0026	0.0093	0.0753	-0.0008	0.0146	34.4641	47.6158	49.7403
18	3.4762	1.0982	-0.3608	16.3958	2.7425	2.631	0.0881	-0.2354	0.1689	0.5815	-0.3196	0.8007	0.0847	-0.16	0.2315	0.0981	-0.0023	0.0201	0.1499	0.0123	0.0673	16.4362	48.242	53.6611
19	7.2752	8.7615	1.0817	12.7897	-0.1536	1.1133	-0.1293	0.3369	-0.1055	-0.1193	0.0652	-0.2715	-0.0557	0.255	0.0641	0.094	0.0411	0.0167	0.1161	0.0312	0.0387	24.7319	65.2993	51.5503
20	51.5544	20.2748	-23.0572	28.1282	-26.5125	25.4236	0.6825	2.5161	2.3075	-1.1411	-0.9002	-0.4749	0.8548	0.6297	0.2176	0.5232	-0.2324	0.0307	0.82	0.2701	0.2487	32.1879	75.7391	48.9202
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27	2.692	-4.0793	-4.8834	6.1848	7.4057	8.8713	-0.3443	-0.0301	-0.1753	0.4991	0.0495	0.2491	0.5743	0.076	0.2948	0.2424	0.0249	0.0173	0.168	-0.031	0.1477	45.6257	17.2105	63.5373
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33	4.8909	-1.306	2.3653	3.6783	-0.7652	3.6215	-0.0697	-0.4157	-0.293	0.0805	0.1513	0.1666	0.0786	-0.2391	-0.0816	0.1203	-0.0039	0.0419	0.0849	0.0006	0.0412	32.6645	36.2876	73.3137
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36	21.6147	1.0298	1.5531	4.1269	-4.5417	15.4169	-0.046	0.3088	-1.2285	-0.038	0.2313	0.542	0.6384	-0.7952	-0.1853	0.1454	-0.0567	-0.005	0.0831	-0.0129	0.2046	24.8764	33.9269	63.7433
37	1.2437	-0.0982	0.9795	1.407	0.557	1.4193	-0.08	-0.1254	-0.1696	0.1123	0.047	0.0161	0.0424	0.0598	0.033	0.1039	0.0531	0.0181	0.0979	0.0608	0.1127	35.1968	38.6634	78.8379
38	14.7765	-7.4613	-2.1893	5.7693	2.0491	1.281	-0.0703	0.464	-0.2143	0.1265	-0.039	0.2225	0.2495	-0.0526	0.1093	0.1439	0.0171	-0.0005	0.1127	-0.0001	0.0162	34.5138	31.7555	75.5447
39	1.589	-3.6126	-1.8877	13.2195	7.9101	5.6866	0.191	0.0032	0.0118	-0.4918	0.1474	-0.4836	-0.1209	0.3244	-0.3384	0.0778	0.0469	-0.0366	0.1829	-0.0193	0.1235	46.4799	43.5803	80.9969
40	12.7218	-0.8757	-10.2507	2.6737	1.5959	19.0953	-0.0146	-0.6382	-0.3291	0.6883	0.1498	0.076	0.1672	-0.0781	-0.1351	0.1951	0.0524	-0.0069	0.1723	0.0108	0.0695	35.8887	53.6328	95.4764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	55 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	73 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	84 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	110 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	121 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	139 - 169
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	170 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	186 - 212
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	213 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	219 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	231 - 242
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	243 - 258
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	259 - 279
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	280 - 290
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	291 - 303
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	304 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	4 - 20
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	21 - 26
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	27 - 42
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	43 - 50
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	51 - 69
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	70 - 77
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	78 - 94
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	95 - 113
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	114 - 126
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	127 - 156
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	157 - 163
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	164 - 191
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	192 - 210
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	219 - 230
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	245 - 266
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	267 - 281
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	282 - 297
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	298 - 309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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