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- PDB-3mwb: The Crystal Structure of Prephenate dehydratase in complex with L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mwb
タイトルThe Crystal Structure of Prephenate dehydratase in complex with L-Phe from Arthrobacter aurescens to 2.0A
要素Prephenate dehydratase
キーワードLYASE / L-Phe / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #500 / Prephenate dehydratase signature 2. / Bifunctional P-protein, chorismate mutase/prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase, conserved site / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #500 / Prephenate dehydratase signature 2. / Bifunctional P-protein, chorismate mutase/prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase, conserved site / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Periplasmic binding protein-like II / Helix non-globular / Special / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Prephenate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter aurescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Stein, A.J. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Prephenate dehydratase in complex with L-Phe from Arthrobacter aurescens to 2.0A
著者: Stein, A.J. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prephenate dehydratase
B: Prephenate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8245
ポリマ-66,4692
非ポリマー3553
5,423301
1
A: Prephenate dehydratase
B: Prephenate dehydratase
ヘテロ分子

A: Prephenate dehydratase
B: Prephenate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,64710
ポリマ-132,9384
非ポリマー7096
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area11180 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area46800 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.120, 107.155, 137.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Prephenate dehydratase


分子量: 33234.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア)
: TC1 / 遺伝子: pheA, AAur_0101 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1R118, prephenate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.936 / Net I/av σ(I): 24.151 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 252235
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.076.10.61741531.1151100
2.07-2.156.10.4641651.1561100
2.15-2.255.70.4141842.465199.9
2.25-2.375.90.33441931.6071100
2.37-2.526.10.19642071.243199.9
2.52-2.716.10.15441951.361100
2.71-2.996.10.11142251.5541100
2.99-3.4260.08542442.2321100
3.42-4.315.80.07242633.085199.9
4.31-505.70.06444213.643199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2→42.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.674 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2115 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 41788 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 25 301 4768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.966383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6045629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48823.511188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16515658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5041534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.53085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79624951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51631562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3064.51420
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 131 -
Rwork0.238 2777 -
all-2908 -
obs--94.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68192.1353-1.40153.97760.40434.9887-0.18940.10220.2003-0.2635-0.00960.49060.213-0.35380.19890.1272-0.02-0.05020.2211-0.02030.149927.051121.441238.9021
25.3992-0.2687-2.0230.7868-2.12887.2766-0.06540.4876-0.49-0.37270.34470.25761.0125-1.3328-0.27930.39860.0588-0.24460.4904-0.20080.564720.306625.235236.3532
39.69781.512812.99483.5970.318719.1011-0.1624-0.1397-0.3511-0.19990.16950.09590.0819-0.0202-0.00710.15390.05520.13570.17240.11830.400831.826320.788937.0216
46.51231.4984-2.04398.6877-4.195412.3548-0.05380.2782-0.3238-0.3011-0.1531-0.26150.39260.20880.20690.10640.02690.00280.0855-0.0410.036835.462628.98137.5601
56.05753.4882-0.61426.6940.23020.14460.1389-0.5114-0.03540.4532-0.1310.05790.00590.0487-0.00790.1360.02930.04350.18870.00980.085131.625627.201751.0458
611.1922-0.5658-2.28012.6748-0.67075.2130.2830.5521-0.1133-0.1383-0.20880.0154-0.04450.1762-0.07420.1259-0.0014-0.00180.1097-0.03770.016131.421636.716442.2588
74.41320.9821-0.70283.5606-0.82021.4757-0.09830.069-0.5726-0.0890.04520.2290.2796-0.09310.05310.1409-0.01010.03220.1770.02120.244718.43637.572951.3006
818.989711.427-5.51226.902-3.28131.66140.3398-0.6285-0.37620.2731-0.3534-0.2657-0.04640.25140.01360.2504-0.0128-0.03560.29580.02760.232719.914311.499860.0729
90.6713-0.8763-0.452.021.0090.5059-0.1254-0.1682-0.49110.34890.00240.11090.1805-0.03010.12310.1646-0.01780.0630.33760.23610.690923.2835.919855.7029
104.9682-1.68340.28493.8087-0.2086.6851-0.01630.7859-0.6177-0.7662-0.2148-0.23390.2920.07990.23110.2798-0.0380.05430.2326-0.05790.36520.43695.415244.6768
112.08511.81980.47562.2891-0.38721.1340.2689-0.23030.05540.3996-0.17690.2392-0.1468-0.1577-0.0920.11280.0230.06510.1276-0.05210.195320.458625.487451.0064
121.0473-0.6447-0.67971.3727-0.58922.1754-0.06240.16260.0731-0.0145-0.1089-0.114-0.12770.1020.17130.1127-0.0653-0.02810.11060.01180.130432.657444.415750.0044
1330.1987-10.56432.334724.9314-1.25845.73810.2726-0.7535-0.40091.0694-0.1050.1502-0.3450.1593-0.16760.1103-0.0284-0.02460.1036-0.00960.130635.399348.336862.2921
141.51550.17270.165510.81580.39861.7792-0.08420.0245-0.02620.03270.11880.0193-0.10160.0154-0.03470.068-0.030.00390.095-0.02580.009128.000847.179257.624
158.3014-0.9264-4.998811.4731-3.84811.9855-0.32540.0543-1.0045-0.2197-0.1205-0.98780.20110.84460.44590.18640.03690.03990.1771-0.06660.281141.602935.192258.897
161.0986-1.27640.68592.9327-0.77741.6395-0.01280.2123-0.0337-0.0336-0.03860.03470.01590.05540.05140.0611-0.00770.01030.0977-0.03090.024228.665746.575451.2483
174.16112.44711.60653.90181.19862.43040.02730.1061-0.09470.09040.0518-0.2073-0.00990.2281-0.07920.08140.00260.00930.0753-0.00080.014634.464147.615849.7403
183.47621.0982-0.360816.39582.74252.6310.0881-0.23540.16890.5815-0.31960.80070.0847-0.160.23150.0981-0.00230.02010.14990.01230.067316.436248.24253.6611
197.27528.76151.081712.7897-0.15361.1133-0.12930.3369-0.1055-0.11930.0652-0.2715-0.05570.2550.06410.0940.04110.01670.11610.03120.038724.731965.299351.5503
2051.554420.2748-23.057228.1282-26.512525.42360.68252.51612.3075-1.1411-0.9002-0.47490.85480.62970.21760.5232-0.23240.03070.820.27010.248732.187975.739148.9202
212.3812-1.1062-3.14215.0777-0.86115.8822-0.2206-0.2245-0.15380.3278-0.0536-0.31880.20850.18890.27420.16060.0053-0.03060.18480.01750.109541.287610.719767.0815
2217.82748.6746-8.539756.3596-13.91095.9207-0.3022-0.8077-1.56141.0869-0.3759-0.5972-0.11380.42490.67810.36840.0424-0.14720.64280.16540.493948.297913.409573.1037
237.48792.2497-0.06225.7877-0.13736.2877-0.03890.0406-0.08750.2142-0.08910.21360.5462-0.16960.1280.2628-0.03320.03460.1501-0.02630.170635.21089.976369.6349
2423.92583.93253.74214.69031.041517.48090.2012-0.1268-1.06060.23380.14940.92421.0635-1.109-0.35050.3958-0.08670.07210.23290.03730.230130.228811.284576.5014
252.18622.1976-1.94.5993-0.10093.0226-0.0318-0.1037-0.0544-0.0818-0.07790.0111-0.02810.10860.10970.1510.0045-0.01970.1695-0.0260.168836.548520.790862.8824
266.18374.744713.29723.644710.197428.6036-0.338-1.35490.5555-0.2975-0.91160.4716-0.9625-2.98591.24960.39250.39510.1460.8490.10450.925926.701123.487272.4921
272.692-4.0793-4.88346.18487.40578.8713-0.3443-0.0301-0.17530.49910.04950.24910.57430.0760.29480.24240.02490.01730.168-0.0310.147745.625717.210563.5373
285.2884-3.2881-0.83463.69011.05641.83110.20090.4044-0.0425-0.2237-0.16210.0082-0.047-0.0673-0.03880.1277-0.0181-0.00710.12170.02570.104447.21488.84444.4642
299.2365-2.2447-5.78357.73591.898216.8116-0.13690.26750.3791-0.39790.0879-0.14610.0402-0.18830.0490.13230.01620.04030.14320.0840.094250.995516.827341.2326
305.2423-0.5736-1.25853.41811.75054.56260.05580.0697-0.48280.07810.04850.20280.5242-0.3136-0.10430.1683-0.0120.01870.1496-0.00280.136542.80435.346849.4613
3119.07126.87296.389511.4434-2.16584.3678-0.025-0.58530.54760.7683-0.14050.2431-0.3935-0.23490.16540.31560.03770.07710.22350.0460.106350.20681.689658.5881
321.535-1.7495-2.06882.3951.94113.47830.0179-0.10680.16660.0880.107-0.1467-0.16840.1441-0.12490.0866-0.0003-0.04620.1638-0.01470.135846.119718.497663.2791
334.8909-1.3062.36533.6783-0.76523.6215-0.0697-0.4157-0.2930.08050.15130.16660.0786-0.2391-0.08160.1203-0.00390.04190.08490.00060.041232.664536.287673.3137
3424.4345-1.655119.93575.43740.899117.2163-0.00130.49730.3494-0.8502-0.2465-0.1136-0.37530.31850.24790.20990.0030.08590.131-0.06690.151829.119745.611168.9236
350.4812-1.234-0.30625.79754.38325.1233-0.0910.0041-0.0470.24020.0350.12650.09630.09190.05610.07890.02650.00610.08240.02430.110137.295641.221471.8408
3621.61471.02981.55314.1269-4.541715.4169-0.0460.3088-1.2285-0.0380.23130.5420.6384-0.7952-0.18530.1454-0.0567-0.0050.0831-0.01290.204624.876433.926963.7433
371.2437-0.09820.97951.4070.5571.4193-0.08-0.1254-0.16960.11230.0470.01610.04240.05980.0330.10390.05310.01810.09790.06080.112735.196838.663478.8379
3814.7765-7.4613-2.18935.76932.04911.281-0.07030.464-0.21430.1265-0.0390.22250.2495-0.05260.10930.14390.0171-0.00050.1127-0.00010.016234.513831.755575.5447
391.589-3.6126-1.887713.21957.91015.68660.1910.00320.0118-0.49180.1474-0.4836-0.12090.3244-0.33840.07780.0469-0.03660.1829-0.01930.123546.479943.580380.9969
4012.7218-0.8757-10.25072.67371.595919.0953-0.0146-0.6382-0.32910.68830.14980.0760.1672-0.0781-0.13510.19510.0524-0.00690.17230.01080.069535.888753.632895.4764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3A31 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4A37 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5A55 - 72
6X-RAY DIFFRACTION6A73 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7A84 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8A110 - 120
9X-RAY DIFFRACTION9A121 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10A139 - 169
11X-RAY DIFFRACTION11A170 - 185
12X-RAY DIFFRACTION12A186 - 212
13X-RAY DIFFRACTION13A213 - 218
14X-RAY DIFFRACTION14A219 - 230
15X-RAY DIFFRACTION15A231 - 242
16X-RAY DIFFRACTION16A243 - 258
17X-RAY DIFFRACTION17A259 - 279
18X-RAY DIFFRACTION18A280 - 290
19X-RAY DIFFRACTION19A291 - 303
20X-RAY DIFFRACTION20A304 - 309
21X-RAY DIFFRACTION21B4 - 20
22X-RAY DIFFRACTION22B21 - 26
23X-RAY DIFFRACTION23B27 - 42
24X-RAY DIFFRACTION24B43 - 50
25X-RAY DIFFRACTION25B51 - 69
26X-RAY DIFFRACTION26B70 - 77
27X-RAY DIFFRACTION27B78 - 94
28X-RAY DIFFRACTION28B95 - 113
29X-RAY DIFFRACTION29B114 - 126
30X-RAY DIFFRACTION30B127 - 156
31X-RAY DIFFRACTION31B157 - 163
32X-RAY DIFFRACTION32B164 - 191
33X-RAY DIFFRACTION33B192 - 210
34X-RAY DIFFRACTION34B211 - 218
35X-RAY DIFFRACTION35B219 - 230
36X-RAY DIFFRACTION36B231 - 244
37X-RAY DIFFRACTION37B245 - 266
38X-RAY DIFFRACTION38B267 - 281
39X-RAY DIFFRACTION39B282 - 297
40X-RAY DIFFRACTION40B298 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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