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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mvr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of cytochrome P450 2B4-H226Y in a closed conformation | ||||||
![]() | Cytochrome P450 2B4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Ligand free closed conformation / P450 / Cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4. | ||||||
機能・相同性 | ![]() arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / endoplasmic reticulum membrane / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shah, M.B. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Plasticity of Cytochrome P450 2B4 as Investigated by Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry and X-ray Crystallography. 著者: Wilderman, P.R. / Shah, M.B. / Liu, T. / Li, S. / Hsu, S. / Roberts, A.G. / Goodlett, D.R. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #1: ![]() タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction. 著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #2: ![]() タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6 A resolution. 著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. #3: ![]() タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4. 著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #4: ![]() タイトル: Crystal Structures of Cytochrome P450 2B4 in Complex with the Inhibitor 1-Biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: Ligand-Induced Structural Response through Alpha-Helical Repositioning 著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #5: ![]() タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9 {angstrom} resolution: Insight into the range of P450 conformations and coordination of redox partner binding. 著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 218.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2q6nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54169.082 Da / 分子数: 2 / 断片: CYP2B4dH 変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, H226Y 由来タイプ: 組換発現 詳細: Deleted residues 3-21, E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, 4 x Cterm His tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CM5 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14.4 % (w/v) PEG 8000, 0.08M cacodylate pH 6.5, 0.6M calcium acetate, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→150 Å / Num. all: 138705 / Num. obs: 135654 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.276 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.764→1.86 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 96.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Q6N 解像度: 1.76→150 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.186 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→150 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.764→1.81 Å / Total num. of bins used: 20
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