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万見
- PDB-3mv9: Crystal Structure of the TK3-Gln55Ala TCR in complex with HLA-B*3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mv9
タイトルCrystal Structure of the TK3-Gln55Ala TCR in complex with HLA-B*3501/HPVG
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
  • HPVG peptide from Epstein-Barr nuclear antigen 1
  • alpha chain of the TK3 TCR
  • beta chain of the TK3 TCR
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / EBV / TCR / TCRpMHC complex / HPVG / TCR polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / symbiont-mediated disruption of host cell PML body ...host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / endonuclease activity / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Epstein-Barr nuclear antigen 1 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 2fyy, 3ffc / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. ...Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. / Khanna, R. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. / Burrows, S.R.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2010
タイトル: Allelic polymorphism in the T cell receptor and its impact on immune responses
著者: Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. / Khanna, R. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / ...著者: Gras, S. / Chen, Z. / Miles, J.J. / Liu, Y.C. / Bell, M.J. / Sullivan, L.C. / Kjer-Nielsen, L. / Brennan, R.M. / Burrows, J.M. / Neller, M.A. / Khanna, R. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. / Burrows, S.R.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HPVG peptide from Epstein-Barr nuclear antigen 1
D: alpha chain of the TK3 TCR
E: beta chain of the TK3 TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5536
ポリマ－94,4575
非ポリマー961
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.900, 62.570, 98.140
Angle α, β, γ (deg.)92.040, 102.290, 109.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain / HLA B*3501 heavy chain / MHC class I antigen B*35


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30685, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 alpha chain of the TK3 TCR


分子量: 22185.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質 beta chain of the TK3 TCR


分子量: 27124.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q55A mutant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド HPVG peptide from Epstein-Barr nuclear antigen 1


分子量: 1327.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P03211

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非ポリマー , 2種, 63分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D, E DO NOT CURRENTLY EXIST IN UNP DATABASE. CHAIN D: ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D, E DO NOT CURRENTLY EXIST IN UNP DATABASE. CHAIN D: TRAV20/TRAJ58 TCR ALPHA CHAIN CHAIN E : TRBV9 WITH THE MUTATION Q55A, TRBJ2-2 TCR BETA CHAIN THE ABOVE CODES ARE FROM IMGT DATABASES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15%PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.979457 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979457 Å / 相対比: 1
Reflection数: 93853 / Rmerge(I) obs: 0.086 / D res high: 2.7 Å / Num. obs: 25447 / % possible obs: 94.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
610189698.510.044
56174798.510.047
45393897.310.05
3.54326080.110.095
3.43.5103690.910.18
33.459249710.171
2.93206197.210.252
2.82.9232597.610.333
2.72.8274997.210.459
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 25447 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.526 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.7-2.80.4592.910111274997.2
2.8-2.90.3333.98775232597.6
2.9-30.25257811206197.2
3-3.40.1717.622576592497
3.4-3.50.188.73672103690.9
3.5-40.09513.110422326080.1
4-50.0520.914830393897.3
5-60.04721.96717174798.5
6-100.04424.37120189698.5
100.03631.2181951195

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.4_4精密化
精密化構造決定の手法: 2fyy, 3ffc / 解像度: 2.7→39.248 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.715 / SU ML: 0.48 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 34.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1131 5.02 %
Rwork0.234 --
obs0.238 22529 83.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.72 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.21 Å2 / Biso mean: 47.782 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.262 Å20.237 Å2-3.537 Å2
2---12.161 Å2-5.365 Å2
3---10.899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6659 0 5 62 6726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1219316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1612482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.8230.4451170.2812417253475
2.823-2.9710.3551360.2682579271581
2.971-3.1580.3891510.2562713286485
3.158-3.4010.3541260.2642625275182
3.401-3.7430.4461210.3182178229968
3.743-4.2840.3161480.2192669281784
4.284-5.3960.2431640.1573091325597
5.396-39.2520.2411680.1743126329498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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